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Xenium | 数据输出与结果总览
空间转录组学技术路线大致可分为两类：基于成像的技术和基于测序的技术。基于成像的技术可以直接观察组织切片中的基因表达情况，通常能够实现单细胞或亚细胞级...
生信大杂烩 6天前2025-11-24 14:18:45
基础、软件、设计、数据、算法
Xenium数据分析 | 使用Xenium Ranger重新分析数据
Xenium组织空间原位多组学分析系统具有许多技术优势，已成为以亚细胞分辨率分析多重空间基因表达和蛋白质表达的理想产品。该平台的核心是全自动和高通量...
生信大杂烩 18天前2025-11-12 20:07:06
软件、数据、数据分析、工具、基础
Xenium Explorer 多样本拼片拆分 & ROI 区域圈选 -- 代码更新
之前我们有介绍过使用Xenium Explorer对一张Xenium芯片上多个样本数据进行拆分或者在组织上圈选ROI，基本上步骤就是在Xenium ...
生信大杂烩 18天前2025-11-12 20:06:34
函数、数据、芯片、explorer、table
Nature Immunology | 人类皮肤成纤维细胞单细胞和空间转录组图谱揭示不同组织中与疾病相关的成纤维细胞亚型的共性
2025年9月《Nature Immunology》在线发表了一篇题目为A single-cell and spatial genomics atlas of ...
生信大杂烩 18天前2025-11-12 20:06:21
设计、数据、系统、框架、模型
Xenium空间转录组实战 | Xenium Explorer 多样本拼片拆分 & ROI 区域圈选
随着 10x Xenium 平台在组织水平上的空间转录组应用越来越广，实验和分析过程中经常会遇到以下两个典型问题：
生信大杂烩 18天前2025-11-12 20:05:31
工具、软件、数据、效率、explorer
Biomni：来自斯坦福的通用型生物医学 AI 智能体，科研"虚拟助手"来了！
在当今生物医学研究中，实验手段和数据量正以前所未有的速度膨胀。从基因组学、单细胞组学到多模态数据，再到可穿戴设备的健康监测，科研人员每天都在与庞大的...
生信大杂烩 18天前2025-11-12 20:05:17
数据库、工具、配置、设计、数据
基于成像空间转录组技术的肿瘤亚克隆CNV原位推断方法
2025年7月2日 bioRxiv预印了一篇文章 In Situ Inference of Copy Number Variations in Image-Ba...
生信大杂烩 2025-08-012025-08-01 14:10:46
模型、数据、算法、系统、效率
Space Ranger v4 HD细胞分割！Seurat/Scanpy 还没跟上？一个函数帮你无缝读取细胞分割结果
一、写在前面 10x Genomics 于 2025 年 6 月发布了 Space Ranger v4.0，这是 Visium 空间转录组分析管线的重要升级。在...
生信大杂烩 2025-07-242025-07-24 17:13:09
数据、space、对象、函数、可视化
单细胞空间多组学揭示肿瘤相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域-空间细胞亚群细分代码实现
CAF 是肿瘤微环境中的关键成分，能够通过细胞间相互作用影响免疫逃逸、药物耐受和转移。然而，CAF 的空间异质性与其生物功能尚未完全理解。癌症相关成纤维...
生信大杂烩 2025-07-202025-07-20 10:57:06
matrix、sample、数据、统计、cell
Visium HD | Spaceranger v4 细胞分割结果分析
2025 年 6 月10x Genomics 的 Space Ranger 软件在升级到了 v4.0 版本。这个新版本最大的亮点就是支持了 Vis...
生信大杂烩 2025-07-122025-07-12 11:29:13
模型、数据、统计、深度学习、架构
Xenium多样本分析实战-代码分享
最近陆陆续续完成了几个Xenium项目的数据分析，主要集中在肿瘤样本研究，每个项目由于实验设计的不同，老师关心的科学问题不同，都做了许多个性化的分析，有时间闲下...
生信大杂烩 2025-06-152025-06-15 11:52:06
数据分析、函数、数据、统计、异常
Visium HD多样本拼片拆分
Visium HD实验的时候一个捕获区域内可以包含多个样本拼片（例如多个组织切片或不同样本的排列）是常见的实验设计，多样本拼片能够提升实验效率，单张玻片处理多...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:21:16
数据、芯片、barcode、sample、工具
Nature Immunology | 老年癌症患者为何更难治愈？最新研究揭示关键机制！
癌症中的年龄相关免疫功能障碍的病因和影响尚不完全清楚。本文表明，老化肿瘤微环境（TME）中有限的 CD8+ T 细胞激活，超出了细胞本身缺陷对肿瘤控制的限制。在...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:20:31
数据分析、基础、模型、排序、数据
腾讯IMA上线！数据分析+文献阅读神器，效率翻倍
ima.copilot（简称 ima）是一款以知识库为核心的智能工作台，集搜索、阅读、写作为一体，全面提升用户的学习与办公效率。产品接入腾讯混元大模型与 Dee...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:19:21
翻译、快捷键、腾讯、效率、数据分析
单细胞文献阅读--scRank利用目标扰动基因调控网络，从scRNA-seq 数据中推断出药物反应细胞类型
细胞对药物的反应表现出巨大的异质性，这主要归因于细胞群体的多样性。在不同细胞的特定生物网络中，药物与其靶点（如受体或酶）相互作用会产生不同的效果。例如，激酶抑制...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:18:25
计算机、开发、数据、网络、性能
Xenium数据分析 | 下机数据读取
今天我们将下载10x官方人肺癌FFPE样本Xenium5k下机数据，使用python的spatialdata库，演示如何进行Xenium单个样本/多样本数据读取...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 18:43:34
sample、多线程、数据、芯片、数据分析
空间转录组细胞类型注释--SCimilarity
前面我们使用10x visium HD结直肠癌样本数据介绍了基于H&E图像进行细胞分割，得到了单细胞精度的空间数据，然后和单细胞分析一样，进行降维聚...
生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 18:42:32
数据、cell、import、测试、模型
空间转录组数据下游分析(二)
邻近富集分析（Proximity Enrichment Analysis）是空间转录组数据分析中的一种重要方法，用于评估细胞类型对之间的空间关联性。该分析通过置...
生信大杂烩 2025-06-082025-06-08 21:07:23
数据分析
空间转录组数据下游分析(一)
前面我们介绍了从Xenium下机数据开始，到数据读取、质控、降维聚类、空间聚类(Banksy)、细胞类型注释（特征基因注释、RCTD反卷积注释），完成了基础的分...
生信大杂烩 2025-06-082025-06-08 16:11:51
数据分析
Cancer Cell丨肺癌早期干预新突破，TIM-3靶点或成关键
2025年5月8日，Cancer Cell 在线发表了一篇来自美国MD安德森癌症中心的研究文章Spatial and multiomics analysis o...
生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:52:38
数据分析

个人简介

生物信息数据分析
单细胞、空间转录组、蛋白代谢多组学数据分析学习记录。
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安徽省 | 合肥市
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