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问使用Dockerfile安装R包
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Stack Overflow用户

提问于 2019-10-17 06:47:14

回答 2查看 3.3K关注 0票数 6

我正在尝试使用Dockerfile安装R软件包。

我安装了映像摇滚歌手/Rstudio。

Dockerfile的内容如下：

# Base image https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio
FROM rocker/rstudio:latest

## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts


##Install R packages
RUN R -e "install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

然后我构建我的映像：docker build -t my_r_image .映像构建，但是包没有安装，因为我收到了以下警告：

将包安装到‘/usr/local/lib/R/site-库’(未指定为‘lib’)警告:无法访问存储库的索引:无法打开URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES‘

我尝试将http://cran.us.r-project.org替换为= 'http://cran.rstudio.com/')"，但我发现了一个类似的错误，即它无法访问存储库的索引。

有人知道我做错了什么吗？

edit1:参见下面的输出，当我这样做时：

.libPaths()
    [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"     

install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib:
          cannot open URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib/PACKAGES'
        Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
        (as ‘lib’ is unspecified)
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository http://cran.us.r-project.org/src/contrib:
          cannot open URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'
        Warning in install.packages :
          packages ‘rvest’, ‘jsonlite’, ‘data.table’, ‘stringr’ are not available (for R version 3.6.1)

EN

回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2019-10-18 12:22:57

奇怪的是，使用完全相同的Dockerfile，我使用rocker/tidyverse存储库而不是rocker/rstudio来安装软件包没有问题。有人知道为什么吗？

票数 2

EN

Stack Overflow用户

发布于 2021-09-13 13:17:52

我也有过类似的问题，FROM rocker/rstudio:latest

对我来说，更改为早期版本解决了我的问题，库能够安装。在我的例子中，我使用了FROM rocker/rstudio:4.0.1

票数 0

EN

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/58435329

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