生物信息云

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R语言基础教程——第1章:初识R

R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和...

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R语言基础教程——第2章:R下载安装和环境搭建

下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、...

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GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验,检测mRNA,...

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R语言基础教程——第3章:RStudio的使用教程

在前面我们介绍了R和RStudio的安装教程,也简单介绍R的GUI的使用,包括包的安装,加载等进行简单的介绍,然而并不详细,对于初学者来说,可能很难理解,原因...

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赶快收藏:R语言常用函数整理

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GEO数据库表达谱差异基因分析

关于GEO数据库表达谱差异基因分析,网上有很多教程,但很多都不系统,几乎千篇一律,而且都是直接使用整理好的矩阵文件来操作的。大家都知道,GEO数据库只负责用户上...

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基因芯片数据挖掘分析表达差异基因

基因芯片(genechip)(又称DNA芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸...

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转录因子预测数据库JASPAR使用教程

今天我们讲解JASPAR 数据库(http://jaspar.genereg.net/)的使用!

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Word天,这样操作可以让Sci-hub如影随形!

最近总能看到群里有人问最新的Sci-Hub地址,或者压根不知道这个,求助文献下载的,小编就旧文新发一遍,方便大家下载文献,下载英文文献基本不需要再求人了,中文也...

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生物信息学初识篇——第二章:序列比对(5)

在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下有Jalview按钮。这个按钮可以快速启动 Jalview,但这里启动...

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TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例

TCGAbiolinks -一个用于TCGA数据综合分析的R/BioConductor软件包,能够通过GDC Application Programming I...

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CentOS 7系统服务器上安装R和Rstudio,并在浏览器中运行Rstudio

如果你已经购买服务器,登陆这里就不多说了,这里用的是腾讯云服务器CentOS 7系统

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生物信息学初识篇——第二章:序列比对(2)

一长一短的两条序列,比较局部比比较全长更有意义。局部比对的算法和全局比对很相似,只是在选最大值时通过增加了第四个元素“0”,来达到比对局部的效果。序列p和序列q...

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生物信息学初识篇——第二章:序列比对(3)

之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对,虽然很快就出结果了,但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列,全部比对一遍,耗时太长。因此,我们需要快速...

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TCGAbiolinks包帮助文档(英文版)

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R语言基础教程——第3章:数据结构——矩阵

矩阵是一个二维数组,只是每个元素都拥有相同的模式(数值型、字符型或逻辑型)。可通过函数matrix创建矩阵。一般使用格式为:

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一个专门为生物信息专门开发的Linux系统:Bio-Linux

Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序,由一个图形化的菜单进行...

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反转录PCR

反转录PCR(Reverse Transcription,RT-PCR)又称为逆转录PCR。其原理是:提取组织或细胞中的总RNA,以其中的mRNA作为模板,采用...

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基因过表达——融合基因过表达

因为融合基因过表达载体的构建与一般的克隆载体构建流程是一样的,只是在PCR引物设计上有所不同!所以这篇文章只说融合基因过表达引物设计,其他的与文章[基因克隆有这...

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R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据

通过官网下载(需要注册),或者百度一下也有资源。需要注意的是要下载最新版,百度或者谷歌的不一定是最新版本,最好在官网下载,但是现在有一个问题,注册账号时验证码的...

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