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DoubleHelix

TCGA数据库:miRNA数据下载与整理(2)

这里我们可以发现,miRNA的前体可能对应多个成熟的miRNA,比如hsa-let-7a-1,有两个对应的成熟体,MIMAT0000062(hsa-let-7a...

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miRNA注释包:miRBaseVersions.db

由于数据库不断的增长和变化,miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称,甚至不再被列为有效的miRNA。这个注释包作为一个存储库,可以用于快速查找成熟的mi...

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R包安装时安装程序包****时退出的状态不是0,或者版本不适的一种解决方法。

但安装的时候会发生出错。提示需要3.5版本的R。你说要4.0。安装时提示要3.5。

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教你如何预测参与调节差异基因的转录因子

KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php)数据库就是基于这个目的构建的数据库。关于这个数据库,我...

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分子对接教程 | (9) VMD可视化对接结果

能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。比专业级的PyMOL(https://pymol.org/2/)。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公...

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分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

或者通过命令cd F:\AutoDock来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。

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分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

首先就是准备受体的时候,加氢的问题,其实在前文已经有过介绍,在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上,而且是全氢。如果你操作是用我选择的...

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分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

接下来你可以按照下图设置显示形式,颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构,通过链显示颜色。

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分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

同样的,打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件,选择其中一个,这里我选择了mol2格式的。

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分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件,我在前面提到过,我也上传到了网盘,有2个版本,一个2.2,一个2.4,前面说安装时需要安装2.0序列的Pytho...

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分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc.docking.org/),这里就不介绍了,你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的...

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分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。

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分子对接教程 | (1) 软件安装准备

AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/

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生信文献 | 一种新的自噬相关lncRNA乳腺癌预后风险模型

标题:A novel autophagy-related lncRNA prognostic risk model for breast cancer

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R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图

https://docs.qq.com/sheet/DV0dxREV1YkJ0ZmVj

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R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合

前面介绍了散点图、柱状图、直方图和核密度估计图,有时候散点图不能很直观的看的出数据的分布情况,这里介绍散点图与统计直方图组合绘制。

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Linux笔记【005】| vim编辑器使用教程

Vim是Linux下一款编辑器软件,它的地位等同于windows下的notepad(记事本)。其功能上要比windows的记事本要强上很多倍,这个vim在开发行...

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R绘图笔记 | 柱状图绘制

绘图:geom_bar用于绘制柱状图,ylim设置纵轴值范围,them设置主题,axis.title设置坐标轴名称参数,axis.text设置坐标轴参数。

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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。plot函数默认的使用格式如下:

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Linux笔记【004】| 文件/文件夹的基本操作命令

如果后面的参数文件名指定了路径,则表示在指定的路径下创建;如果只是传递一个文件名,则表示在当前目录创建文件。

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