这里我们可以发现,miRNA的前体可能对应多个成熟的miRNA,比如hsa-let-7a-1,有两个对应的成熟体,MIMAT0000062(hsa-let-7a...
由于数据库不断的增长和变化,miRNA的名称可能在不同的版本中有不同的名称,甚至不再被列为有效的miRNA。这个注释包作为一个存储库,可以用于快速查找成熟的mi...
但安装的时候会发生出错。提示需要3.5版本的R。你说要4.0。安装时提示要3.5。
KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php)数据库就是基于这个目的构建的数据库。关于这个数据库,我...
能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。比专业级的PyMOL(https://pymol.org/2/)。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公...
或者通过命令cd F:\AutoDock来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。
首先就是准备受体的时候,加氢的问题,其实在前文已经有过介绍,在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上,而且是全氢。如果你操作是用我选择的...
接下来你可以按照下图设置显示形式,颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构,通过链显示颜色。
同样的,打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件,选择其中一个,这里我选择了mol2格式的。
我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件,我在前面提到过,我也上传到了网盘,有2个版本,一个2.2,一个2.4,前面说安装时需要安装2.0序列的Pytho...
还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc.docking.org/),这里就不介绍了,你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的...
关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。
AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/
标题:A novel autophagy-related lncRNA prognostic risk model for breast cancer
https://docs.qq.com/sheet/DV0dxREV1YkJ0ZmVj
前面介绍了散点图、柱状图、直方图和核密度估计图,有时候散点图不能很直观的看的出数据的分布情况,这里介绍散点图与统计直方图组合绘制。
Vim是Linux下一款编辑器软件,它的地位等同于windows下的notepad(记事本)。其功能上要比windows的记事本要强上很多倍,这个vim在开发行...
绘图:geom_bar用于绘制柱状图,ylim设置纵轴值范围,them设置主题,axis.title设置坐标轴名称参数,axis.text设置坐标轴参数。
plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。plot函数默认的使用格式如下:
如果后面的参数文件名指定了路径,则表示在指定的路径下创建;如果只是传递一个文件名,则表示在当前目录创建文件。
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