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nf-celescope — 新格元新流程
数据
插件
服务器
配置
软件
nf-celescope 可以说是celescope的升级版，采用Nextflow框架，优化计算资源配置，在参考基因定量部分采用更快的STARsolo。新版本定量软件环境部署学习成本低、运行速度快同时兼容不同组学生物信息捕获
生信菜鸟团
2024-07-31
78
0
提取特定基因细胞亚群后富集分析-细胞相互作用
data
list
object
table
数据
这一次的主题起源于，怎么说呢，随便的一个想法（做完了之后发现，很多事不是不能深挖和解读，而是责任方不在自己的话，不会放在心上） ①选取一个数据集，总注释 ②取出T&NK亚群，细分注释 ③取出Treg亚群，注释 ④提取出Treg亚群中某个基因阳性的细胞，GO和GSVA分析 ⑤这次不用合并的方式了，使用match ID的方式把后面细分的亚群注释挪到①的总注释中，cellchat相互作用分析
生信菜鸟团
2024-07-31
122
0
跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（一）标准分析流程
可视化
数据
算法
object
函数
各位小伙伴，好久不见！最近我忙完了博士毕业相关的事，离开武汉刚回到杭州，六年的硕博生活终于结束啦！还在坑里的朋友们要坚持住！
生信菜鸟团
2024-07-31
273
0
你的单细胞数据集还可以分析体细胞突变
数据
算法
性能
测试
事件
单细胞水平上的体细胞突变特征对于研究癌症进化、克隆镶嵌和细胞可塑性至关重要。传统的单细胞基因组测序方法在可扩展性和基因组丢失率方面存在挑战。另一策略是从scRNA-seq 和 scATAC-seq 检测体细胞突变，这种方法的主要优点是可以将细胞谱系映射到转录或调控程序，但由于不同细胞类型的基因表达差异、等位基因脱落事件、RNA 编辑、有限的覆盖深度和测序伪影，突变的检测受到严重限制。因此，现有算法检测体细胞突变具有局限性。因此，研究团队开发了一种名为SComatic的算法，旨在直接检测 scRNA-seq 和ATAC-seq（可及染色质序列测定）数据集中的体细胞突变，而无需匹配的大量或单细胞DNA测序数据。
生信菜鸟团
2024-07-31
174
0
你还缺scRNA-seq的workflow吗？
数据
cell
data
scale
workflow
之前曾老师给我看了一位在pipebio工作的生信工程师Roman Hillje的scRNA-seq的workflow，今天整理一下分享给大家。
生信菜鸟团
2024-07-31
148
0
FUMA：基因关联的功能图谱和注释
统计
字符串
com
编码
数据
SNP2GENE 功能将 GWAS 统计摘要作为输入，并为主导 SNPs 确定的基因组区域中的所有 SNPs 提供广泛的功能注释。
生信菜鸟团
2024-07-31
277
0
CeleScope — 新格元单细胞多组学分析工具箱
测试
脚本
数据
线程
txt
CeleScope是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的，用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件。可从二代测序下机的原始fastq数据开始，经过细胞标签提取、质控与校正，参考基因组比对，完成基因定量，最终得到质控报告和表达矩阵，以用于单细胞下游分析。
生信菜鸟团
2024-07-31
153
0
探索TCGA数据的利器——TCGAbiolinksR包使用技巧
后台
技巧
数据
代理
函数
今天的是学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-07-22
138
0
为什么劝不动老烟枪戒烟？部分老烟枪自带保护罩
数据库
数据处理
工具
基础
优化
肺癌是全球癌症死亡率最高的类型，与吸烟有强烈的相关性。香烟中的化学致癌物如多环芳烃（PAHs）能够引起DNA损伤，从而导致癌变。尽管已有研究评估了吸烟总量、持续时间、强度和戒烟时间对肺癌风险的影响，但对正常肺细胞中体细胞突变的积累速率及其与肺癌风险的关系了解有限。因此，研究团队旨在通过单细胞全基因组测序技术，定量分析年龄和吸烟对支气管基底细胞（PBBCs）体细胞突变负荷的影响。
生信菜鸟团
2024-07-22
108
0
CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件
sample
脚本
软件
数据
file
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计，同时分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据的一组分析pipline 。
生信菜鸟团
2024-07-22
415
0
如何突破单细胞数据获取的门槛：从GEO到Cell Ranger
数据
cell
data
geo
sample
书接上回，一步步尝试代码复现，然后，我们就来到了Figure 2.I，乍看只是平平无奇的堆叠图嘛，殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~
生信菜鸟团
2024-07-22
144
0
R tips：cellphonedb细胞通讯网络图优化
edge
布局
数据
网络
优化
上次讲到的使用cellphonedb进行细胞通讯分析，其中的网络图的效果不是特别好，本文会就网络图进行两个优化：
生信菜鸟团
2024-07-22
101
0
转移性胰腺癌的ctDNA KRAS 突变与生存分析
队列
数据
研究团队通过两个队列的血浆 ctDNA 的 KRAS 突变检测，发现基线 ctDNA KRAS与生存率之间的变异特异性关系，且 ctDNA KRAS G12V 的 VAF 水平和OS或PFS没有显著关系，而 ctDNA KRAS G12D VAF 水平和OS或PFS显著相关。这个结果进一步支持临床上治疗 mPDAC 的 ctDNA 监测作用，也为 ctDNA KRAS G12D 作为 mPDAC 患者 biomarker 提供证据。
生信菜鸟团
2024-07-22
87
0
热图中分组与聚类不匹配的问题
heatmap
load
排序
draw
分组和聚类是两件独立的事情，聚类是以样本为单位，而不是以分组为单位。每个样本属于那个分组的信息是已知的。
生信菜鸟团
2024-07-11
156
0
TCGA数据整理-3
table
工作
数据
draw
plot
生信菜鸟团
2024-07-11
79
0
TCGA数据整理-2
table
数据
异常
mock
split
https://mp.weixin.qq.com/s/_DtkxSfLGQHcRju66J4yTQ
生信菜鸟团
2024-07-11
97
0
TCGA分析之使用Rmd编辑代码-1
渲染
count
工作
数据
语法
生信菜鸟团
2024-07-11
82
0
TCGA背景知识及数据整理
project
百度
工作
数据
file
生信菜鸟团
2024-07-11
104
0
【文献荐读】骨髓单细胞测序：一码通
data
list
min
project
数据
今天跟大家分享的是新鲜出炉的一篇骨髓单细胞测序文章【Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging】，作者这次将目光聚焦于骨髓的间充质干细胞而非免疫细胞，此外还提供了分群策略，值得反复学习~
生信菜鸟团
2024-07-10
195
0
pyGenomeTracks — 强大且灵活的基因组可视化工具
data
file
工具
可视化
数据
pyGenomeTracks 是一款功能强大且灵活的基因组数据可视化工具，用于展示各种类型的基因组数据，如基因注释、信号强度和覆盖度等。从而使研究人员更好地理解基因组的功能和结构。广泛应用于表观遗传学、转录组学、基因组学等研究。其免费开源且具有以下特性
生信菜鸟团
2024-07-10
280
0
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穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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