使用吡射线组学掩模校正时，ROI的边界框大于图像空间
我一直在尝试为下面的image和分段的output实现pyradiomics的特征提取。当我运行该命令时
pyradiomics Brats18_CBICA_AAM_1_t1ce_corrected.nii.gz Brats18_CBICA_AAM_1.nii.gz --setting "correctMask:True"。
我得到以下错误。
Image/Mask geometry mismatch, attempting to correct Mask Bounding box of ROI is larger than image space: ROI bounds (image coordinate space) ((-86.5, 85.5, 80.5), (-114.5, 46.5, 121.5)) Image Size (240, 240, 155) Image/Mask correction failed, ROI invalid (not found or outside of physical image bounds) Case-1_Image: /home/sid/Documents/pyradiomics-master/bin/Brats18_CBICA_AAM_1/Brats18_CBICA_AAM_1_t1ce_corrected.nii.gz Case-1_Mask: /home/sid/Documents/pyradiomics-master/bin/Brats18_CBICA_AAM_1/Brats18_CBICA_AAM_1.nii.gz
我已经尝试了其他选项的正确遮罩，以及设置高容差，但似乎都不起作用。我已经用CaPTK工具正确地可视化了它们，没有任何问题。遮罩校正或遮罩重采样是否有问题？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2018-08-14 07:28:01
这两个图像不在同一物理空间中。如果将它们作为两个三维数组进行比较，分割结果确实是正确的。但在医学图像中，在进一步处理之前，它们必须始终转换为全局空间(例如，如果您有来自同一平面的100x100pix PET图像和256x256 CT图像，则应考虑分辨率)。我建议在3D Slicer documentation中对这个问题进行简短的解释。
无论如何，你的图片的标题如下：
flair：
图像源(0, 239, 0)
间隔(1, 1, 1)
轴方向
(1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1)
分割结果：
图像源(0, 0, 0)
间隔(1, 1, 1)
轴方向
(-1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 1)
(这意味着x和y都是镜像的)
因此，您应该沿X和Y翻转分割的图像，并将其平移一个向量(0,239，0)。不幸的是，我不熟悉吡射线组学，但每个图像处理工具都应该处理它。
Stack Overflow用户
发布于 2018-12-14 09:10:57
这确实是错误的原因。我不知道CapTK是否考虑了方向、间距和原点，但PyRadiomics考虑了。这允许您使用由不同源图像制作的蒙版(例如，使用在DWI图像上制作的蒙版从T2W图像中提取特征)。为了防止意外错误，这需要correctMask。
尽管如此，每当必须进行校正时，PyRadiomics都会检查蒙版的边界框是否包含在图像定义的物理空间内。在您的示例中，方向和y是翻转的，这会导致您的蒙版完全位于x域中的图像空间之外(y可能没有问题，因为原点是239)。重新采样只会产生一个空的遮罩。
https://stackoverflow.com/questions/51802320
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