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普大喜奔!usearch开源+64位旧版本免费用
开源
测试
工具
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前段时间听说USEARCH即将开源,今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果,发现V12版本的测试结果不尽如人意,具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时,浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位虽然不会开源,介已经开放下载使用了!于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验,一起试试吧!
用户1075469
2024-07-01
110
0
usearch教程-OTU表抽平
https
教程
软件
数据
开源
USEARCH 是继 Mothur 和 QIIME 之后的第三大流行扩增子分析流程,目前已被引用 20,824 次。USEARCH 由 Robert Edgar 独立编写,使用 C 和 C++ 开发,体积小,运行速度快且功能强大,且不需要依赖其他软件(安装过 QIIME1 和 QIIME2 的用户应该对此深有体会)。
用户1075469
2024-07-01
277
0
QIIME 2 2024.5 更新来啦
可视化
数据
重构
插件
开发
小编划重点:发布节奏改为每年两次!Python 3.9,去污染和分类器训练的更新,各版本的预训练的分类器下载更加方便。
用户1075469
2024-06-18
159
0
小白用自己游戏本训练方言分类AI识别模型
arguments
测试
模型
数据
游戏
笔记本型号是Redmi G2021,配置还凑活,5800H,16G, 3050Ti Laptop(4G VRAM),相当一般的配置啦!不过自从英伟达更新了驱动,可以实现RAM充当显存,可训练以及使用的模型就多了很多啦,当然这种类似swap的方式性能还是有点损失的。不过,总比运行不起来强多啦!
用户1075469
2024-06-06
108
0
编译|mummer2circos画环状细菌基因组圈图
容器
heatmap
编译
工具
镜像
mummer2circos 是一个用于绘制细菌基因组的圈图(circos 图)的工具。它基于 BLAST 或 NUCMER/PROMER 的比对结果,生成 SVG 和 PNG 格式的图像,可以直观地展示基因组的结构和特征。
用户1075469
2024-04-12
232
0
脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列
file
脚本
浏览器
效率
数据库
hello,hello!小伙伴们大家好,我是小编豆豆,好久没有给大家分享使用的脚本了,最近小编在一直在忙着16s整理数据库,需要下载大量物种的16s rRNA序列。
用户1075469
2024-03-26
420
0
有向后不兼容接口更改,QIIME 2 2024.2 来啦
可视化
数据
插件
管理
接口
今年 12 月,QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本,转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。
用户1075469
2024-02-23
172
0
一文读懂Prodigal教程
字符串
file
翻译
教程
数据
Prodigal[1] 由橡树岭国家实验室[2]和田纳西大学诺克斯维尔分校[3]于 2007 年在能源部联合基因组研究所[4]的主持下联合开发,是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具,Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表 PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm。Dictionary.com[5] 提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是:
用户1075469
2024-02-22
445
0
脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式
正则表达式
测试
脚本
镜像
模型
小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本,2749 行的长度,长到已经难以用 GPT 解读啦,不过用起来还是很方便的!这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。
用户1075469
2024-01-26
261
0
脚本分享—快速统计基因组组装结果
file
函数
脚本
命令行
统计
我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本,由于编程语言"洁癖",想要彻底抛弃 perl 语言转向 python,于是他使用 AI 辅助下进行了转换,由于脚本相对简单,转换竟然就成功了。中间发现四种碱基含量百分比和原脚本统计有出入,检查确认是序列大小写没有注意的原因,修改后就完美运行了,这里分享给大家!
用户1075469
2024-01-22
181
0
qiime2+lefse的n个解决方案
table
解决方案
命令行
搜索
终端
qiime2 有自带的差异分析工具的(composition ancom),可是,大家已经习惯了一直用的 lefse,于是,把 qiime2 的结果导出进行 lefse 分析,在某种程度上就是一个“刚需”啦!在希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前,我们的解决方案有哪几个呢?这里分享下我找到的几个,欢迎补充。
用户1075469
2024-01-15
356
0
全球生物样本库荟萃分析倡议 (GBMI)+整理的一个github的repo
github
网站
表格
框架
统计
全球生物样本库荟萃分析倡议 (GBMI) 旨在创建一个框架,以启动全球生物样本库和倡议合作。这个简单框架的好处包括但不限于:
用户1075469
2024-01-02
509
0
俄罗斯生物银行(BBRU)
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行,分享一下,summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
492
0
俄罗斯生物银行(BBRU)
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行,分享一下,summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
219
0
首个宏基因组版本--Qiime2 2023.9发布啦
数据分析
插件
集合
可视化
连接
计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年2月发布(QIIME2 2023.12)。
用户1075469
2023-11-01
467
0
国内2个Biobank,一个summary statistics可下载
数据库
大数据
statistics
summary
研发
提示近期正在维护,暂时没有任何内容可供查看下载了。不过,GWAS Catalog的还是可以下载的,点赞!
用户1075469
2023-10-24
458
0
2023牛津纳米孔16S测序数据新的探索
数据库
工具
工作流
软件
数据
有同学和我交流离线的牛津纳米孔16S测序数据分析的问题,感慨的确这种方案还是少的,我想主要原因之前大家的印象还是相比Pacbio和短读长,成本高,准确性还是差了一点吧,16S对准确性要求还是相对高的。不过好处是,临床这种现场特别赶时间的,可以使用官方软件实时获得菌的分类结果。从同学处得到了一个测试数据,先看看质量:
用户1075469
2023-08-26
373
0
QIIME 2 2023.7更新
持续集成
插件
教程
索引
系统
今天看到官网论坛上宣布,QIIME 2 2023.7 版本现已发布!计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布(QIIME 2023.9),本次更新是一个小的版本更新,更新频率挺高,不过还是有一些改变的,一起来看下!qiime2团队的目标真的是星辰大海,这是全世界科研工作者合作的力量,重命名为“扩增子发行版”,这意味着宏基因组版本很快将到来!
用户1075469
2023-08-26
253
0
Parsl-Python中的高效并行编程模块
python
编程
并发
函数
教程
之前从qiime2的更新介绍中了解到了这个模块,这里再详细了解一下!哪天用起来呀!
用户1075469
2023-08-26
285
0
大更新,QIIME 2 2023.5
缓存
对象
集合
可视化
数据
并行化、断点续分析、输出集合、基于阴性对照识别污染、宏基因组学工作流程(即将推出!)
用户1075469
2023-08-26
236
0
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