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编译|mummer2circos画环状细菌基因组圈图
容器
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编译
工具
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mummer2circos 是一个用于绘制细菌基因组的圈图（circos 图）的工具。它基于 BLAST 或 NUCMER/PROMER 的比对结果，生成 SVG 和 PNG 格式的图像，可以直观地展示基因组的结构和特征。
用户1075469
2024-04-12
68
0
脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列
file
脚本
浏览器
效率
数据库
hello，hello！小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。
用户1075469
2024-03-26
170
0
有向后不兼容接口更改，QIIME 2 2024.2 来啦
可视化
数据
插件
管理
接口
今年 12 月，QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本，转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。
用户1075469
2024-02-23
117
0
一文读懂Prodigal教程
字符串
file
翻译
教程
数据
Prodigal[1] 由橡树岭国家实验室[2]和田纳西大学诺克斯维尔分校[3]于 2007 年在能源部联合基因组研究所[4]的主持下联合开发，是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具，Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表 PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm。Dictionary.com[5] 提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是：
用户1075469
2024-02-22
202
0
脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式
正则表达式
测试
脚本
镜像
模型
小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本，2749 行的长度，长到已经难以用 GPT 解读啦，不过用起来还是很方便的！这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。
用户1075469
2024-01-26
110
0
脚本分享—快速统计基因组组装结果
file
函数
脚本
命令行
统计
我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本，由于编程语言"洁癖"，想要彻底抛弃 perl 语言转向 python，于是他使用 AI 辅助下进行了转换，由于脚本相对简单，转换竟然就成功了。中间发现四种碱基含量百分比和原脚本统计有出入，检查确认是序列大小写没有注意的原因，修改后就完美运行了，这里分享给大家！
用户1075469
2024-01-22
112
0
qiime2+lefse的n个解决方案
table
解决方案
命令行
搜索
终端
qiime2 有自带的差异分析工具的（composition ancom），可是，大家已经习惯了一直用的 lefse，于是，把 qiime2 的结果导出进行 lefse 分析，在某种程度上就是一个“刚需”啦！在希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前，我们的解决方案有哪几个呢？这里分享下我找到的几个，欢迎补充。
用户1075469
2024-01-15
188
0
全球生物样本库荟萃分析倡议 (GBMI)+整理的一个github的repo
github
网站
表格
框架
统计
全球生物样本库荟萃分析倡议 （GBMI） 旨在创建一个框架，以启动全球生物样本库和倡议合作。这个简单框架的好处包括但不限于：
用户1075469
2024-01-02
221
0
俄罗斯生物银行（BBRU）
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行，分享一下，summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
159
0
俄罗斯生物银行（BBRU）
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行，分享一下，summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
125
0
首个宏基因组版本--Qiime2 2023.9发布啦
数据分析
插件
集合
可视化
连接
计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年2月发布（QIIME2 2023.12）。
用户1075469
2023-11-01
361
0
国内2个Biobank，一个summary statistics可下载
数据库
大数据
statistics
summary
研发
提示近期正在维护，暂时没有任何内容可供查看下载了。不过，GWAS Catalog的还是可以下载的，点赞！
用户1075469
2023-10-24
287
0
2023牛津纳米孔16S测序数据新的探索
数据库
工具
工作流
软件
数据
有同学和我交流离线的牛津纳米孔16S测序数据分析的问题，感慨的确这种方案还是少的，我想主要原因之前大家的印象还是相比Pacbio和短读长，成本高，准确性还是差了一点吧，16S对准确性要求还是相对高的。不过好处是，临床这种现场特别赶时间的，可以使用官方软件实时获得菌的分类结果。从同学处得到了一个测试数据，先看看质量：
用户1075469
2023-08-26
294
0
QIIME 2 2023.7更新
持续集成
插件
教程
索引
系统
今天看到官网论坛上宣布，QIIME 2 2023.7 版本现已发布！计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布（QIIME 2023.9），本次更新是一个小的版本更新，更新频率挺高，不过还是有一些改变的，一起来看下！qiime2团队的目标真的是星辰大海，这是全世界科研工作者合作的力量，重命名为“扩增子发行版”，这意味着宏基因组版本很快将到来！
用户1075469
2023-08-26
212
0
Parsl-Python中的高效并行编程模块
python
编程
并发
函数
教程
之前从qiime2的更新介绍中了解到了这个模块，这里再详细了解一下！哪天用起来呀！
用户1075469
2023-08-26
227
0
大更新，QIIME 2 2023.5
缓存
对象
集合
可视化
数据
并行化、断点续分析、输出集合、基于阴性对照识别污染、宏基因组学工作流程(即将推出！)
用户1075469
2023-08-26
191
0
跟着NPJ学宏基因组分析流程-肠道微生物群通过调节胆汁酸代谢来影响奥贝胆酸对非酒精性脂肪性肝病的治疗效果
数据库
数据分析
path
软件
数据
hello，hello！小伙伴们大家下午好，我是小编豆豆，之前小编给大家分享了NC学宏基因组分析流程，今天小编再给大家分享一篇宏基因流程，文章提供完整的分析流程和代码，是一篇学习宏基因组数据分析不错的素材。文章是2023年3月份发表在 npj biofilms and microbiomes，题为：Gut microbiome determines therapeutic effects of OCA on NAFLD by modulating bile acid metabolism。
用户1075469
2023-08-26
246
0
qiime2官方视频教程亮点回顾
机器学习
插件
工具
教程
视频
做了一次搬运工，把 Qiime2 官方教程搬到了 B 站，B 站确实有机器的字幕，但是现阶段的 AI 字幕对于生物领域还是比较不友好的，特别是对于些专有名词，比如 qiime 直接翻译成 china。所以，未来每个人有个专属的工作 AI 助手应该是个未来的趋势啦！鉴于字幕不好， 我就每个视频把字幕校正了一遍，断断续续有半年多，终于理完啦！字幕重新上传了 B 站。当然，这也是一个学习的过程，大佬的讲解，让我也学到了不少，这里就选三个亮点分享一下！
用户1075469
2023-08-26
128
0
跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析
sh
队列
脚本
模型
数据
今天继续我们的跟着NC学流程系列，之前小编分享了关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的机教程。考虑到许多小伙伴是做人类基因组方面的，今天分享一篇癌症早筛方面的，血液DELFI全基因组片段化丰度谱检测的分析框架。题目是：Detection and characterization of lung cancer using cell-free DNA fragmentomes。
用户1075469
2023-08-26
261
0
脚本分享——对fasta文件中的序列进行排序和重命名
python
脚本
hello，hello！ 小伙伴们大家下午好，我是小编豆豆，时光飞逝，不知不觉来南京工作已经一年了，从2018年参加工作至今，今年是我工作最快乐的一年，遇到一群志同道合的小伙伴，使我感觉太美好了。
用户1075469
2023-01-11
5.6K
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