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单细胞+空间揭示胰腺导管腺癌的组织结构
数据分析
集合
数据
异常
原理
文献标题：Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas
生信技能树jimmy
2024-05-11
107
0
复旦肿瘤连发两个单细胞泛癌数据分析CNS正刊研究文章
http
数据分析
cell
论文
数据
首先是在Cell上发表了题为“Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency”的研究论文，生成了覆盖17个癌种的中性粒细胞图谱（http://pancancer.cn/neu），探索了利用中性粒细胞抗原提呈来增敏免疫治疗。（吴英成、马家强、杨旭鹏、南芳、张天成为共同第一作者。）
生信技能树jimmy
2024-05-11
71
0
同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群吗
数据挖掘
数据库
数据分析
数据
图表
其实他们挖掘的是他们课题组自己的2021的文章的单细胞转录组数据：ischemic mouse brains at 5 and 14 days after tMCAO (GSE171169) ，如下所示的4个样品：
生信技能树jimmy
2024-05-11
76
0
软骨相关单细胞亚群的标记基因
数据分析
pdf
模型
数据
数据库
但并不是所有人都是研究肿瘤的，也有一些其它领域的单细胞亚群值得整理和分享，比如软骨相关的单细胞亚群。目前主要是在腰椎间盘和骨关节相关的疾病研究看到它。而且腰椎间盘和骨关节中的细胞异质性相当丰富，它们由多种不同的细胞亚群组成，这些细胞亚群在椎间盘和骨关节的发育、功能以及疾病的发生发展中发挥着重要作用。
生信技能树jimmy
2024-05-11
132
0
为什么半月板有少量免疫细胞而软骨里面没有呢
https
数据
效率
数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE220243
生信技能树jimmy
2024-05-11
91
0
PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞通过 ITGA11-SELE 相互作用促进早期癌症的淋巴血管侵袭和淋巴转移
数据库
迁移
队列
模型
数据
该论文探讨了在早期膀胱癌（BCa）中，癌相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其功能。通过使用scRNA和空间转录组学技术，发现了一种之前未知的表达PDGFRa+ITGA11+的CAFs亚群。通过对910例病例的多中心临床分析，证实这种PDGFRa+ITGA11+CAFs与早期BCa的淋巴血管侵犯（LVI）和预后不良有关。在敲除PDGFRa+ITGA11+CAFs的小鼠模型中，这些CAFs被证明可以促进LVI和淋巴结（LN）转移。从机制上来看，PDGFRa+ITGA11+CAFs通过识别淋巴内皮细胞上的ITGA11表面受体SELE来促进淋巴管生成，激活SRC-p-VEGFR3-MAPK信号通路。此外，PDGFRa+ITGA11+ CAFs的CHI3L1可以调整周围的基质，帮助癌细胞内窥镜入侵，进而促进早期BCa的LVI和LN转移。这项研究揭示了PDGFRa+ITGA11+ CAFs在形成转移性景观中的关键作用，并为早期BCa LVI的治疗提供了信息。
生信技能树jimmy
2024-05-11
123
0
心肌梗死心脏的单细胞和空间转录组学分析
程序
对象
数据
编码
文章标题：《Single-cell and spatial transcriptomics of the infarcted heart define the dynamic onset of the border zone in response to mechanical destabilization》
生信技能树jimmy
2024-05-11
93
0
FeatureScatter散点图
数据
数据处理
marker
函数
可视化
在ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤中，使用小提琴图对所有细胞中检测到的分子总数（ncount_RNA ）以及基因数量（nFeature_RNA）进行可视化，帮助我们判断细胞在哪些位置的密度高，从而推断一个过滤的阈值
生信技能树jimmy
2024-05-11
78
0
根据线粒体基因进行过滤
可视化
数据
统计
对象
脚本
上篇推文中对ncount_RNA 和nFeature_RNA进行了可视化，然后基于可视化结果进行了阈值的判断，并且也给大家分享了在实际分析中的应用
生信技能树jimmy
2024-05-01
149
0
人类健康呼吸道的单细胞图谱
data
table
开发
数据
文章标题：《A Single-Cell Atlas of the Human Healthy Airways》
生信技能树jimmy
2024-04-30
110
0
单细胞转录组揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞及其器官特异性转移
通信
效率
迁移
crc
数据
本研究研究通过scRNA和ST技术，详细探索了原发性结直肠癌（CRC）及其肝脏（lCRC）和卵巢（oCRC）转移的癌细胞异质性。发现一个表达蛋白酪氨酸磷酸酶受体型O（PTPRO）和刺蛾型乙基基因2（ASCL2）的类干细胞群体是转移的主要原因。这些类干细胞还显示出向肝脏或卵巢转移的特异性倾向。类干细胞与肿瘤相关成纤维细胞和内皮细胞通过DLL4-NOTCH信号通路进行交互作用，从而实现从原发性CRC到卵巢的转移。在卵巢转移的微环境中，肌成纤维细胞为癌细胞提供谷氨酰胺，并执行代谢重编程，这可能对癌细胞在卵巢中的定位和发展至关重要。本研究揭示了结直肠癌特定器官转移的机制，特别强调了干细胞在肿瘤转移中的作用及其与肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用。
生信技能树jimmy
2024-04-30
136
0
Demo上新 || 百创S3000空间转录芯片鼠脑Demo数据
智能制造
服务
数据
芯片
研发
百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。
生信技能树jimmy
2024-04-28
108
0
ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤
input
对象
脚本
可视化
数据
上次给大家简单整理了一下细胞鉴定曲线图理解，里面使用nCount_RNA或者nFeature_RNA在R语言里面绘制细胞鉴定曲线，找到一个合适的cutoff值，进行了一个初步的质控。
生信技能树jimmy
2024-04-28
147
0
人海绵体单细胞转录组图谱
marker
框架
数据
数据库
csv
文章标题：《Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum》
生信技能树jimmy
2024-04-28
89
0
如何整合10x和smart-seq2技术平台的单细胞转录组数据
原理
python
https
编程语言
数据
绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到，其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述，这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志，标题是：《Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses》，链接是：https://www.nature.com/articles/s12276-020-00499-2
生信技能树jimmy
2024-04-28
115
0
最新Demo||百创S3000空间转录芯片Demo数据
软件
数据
芯片
性能
研发
根据得到的单细胞分割结果，对数据部分特征性的cluster进行了注释，脑区中注释得到了包括：可分化为神经元和星形胶质细胞的少突胶质祖细胞，参与血脑屏障的周细胞，少突胶质细胞，星形细胞，中间神经元，三叉神经细胞，在胚胎发育和出生后生活的不同时期，发育大脑皮层边缘区/I层和未成熟海马体中的形态和分子上不同的产生细胞类型的Cajal Retzius细胞，内皮细胞，Ependymal细胞，神经干细胞/前体细胞，小胶质细胞，成纤维细胞，神秘的松果体细胞，光感受细胞，脉络丛细胞。
生信技能树jimmy
2024-04-19
120
0
细胞鉴定曲线图理解
可视化
排序
数据
数据分析
对象
一般得到10X Genomics的下机数据之后，我们需要使用Cellranger软件进行上游数据的处理，并且生成网页报告。
生信技能树jimmy
2024-04-19
143
0
神经调节蛋白4通过抑制肿瘤易发的肝脏微环境抑制NASH-HCC的发展
数据
统计
cell
编程
集群
文章标题：《Neuregulin 4 suppresses NASH-HCC development by restraining tumor-prone liver microenvironment》
生信技能树jimmy
2024-04-19
90
0
单细胞分析揭示协同作用的肿瘤微环境动态有助于确定胰腺癌的亚型
模型
数据
网络
工作
基础
背景：胰腺导管腺癌 （PDAC） 样本的bulk RNA 分析因肿瘤微环境 （TME:即来自成纤维细胞、内分泌、外分泌和免疫细胞的信号） 而变得复杂。虽然已经建立了具有预后意义的肿瘤和基质亚型，但对驱动不同免疫和基质图谱的潜在信号的理解仍然不完整。
生信技能树jimmy
2024-04-19
149
0
一行代码就能发生信顶刊的GPTCelltype做单细胞亚群注释
测试
对象
接口
数据
chatgpt
其实文章所演示的研究者们开发的GPTCelltype做单细胞亚群注释这个过程，我们自己也是在chatGPT界面操作过，就是拿到了各个单细胞亚群的基因后的跟chatGPT普通的对话而已：
生信技能树jimmy
2024-04-15
176
0
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