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注意:读入的数据进行转置,是因为使用pydeseq2包进行分析时,count矩阵需要的是行为样本,列为基因名称,和R语言中的DESeq2包刚好相反。
清除conda缓存:有时候,conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存:
近年来空间转录组的各类平台层出不穷,其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Sca...
如果是PDB数据库的蛋白,只需要PDB蛋白的id,然后通过get.pdb函数获取即可。
单细胞专题 | 1.单细胞测序(10×genomics技术)的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上...
现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。
生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析 该包主要包括下面方法或对象
(1)因为荧光图片荧光点是亮的,而背景是黑色的,所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出...
method有4种:VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。
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使用免疫检查点封锁 (ICB) 在癌症治疗方面取得了前所未有的进展。然而,反应仅限于一部分患者,免疫相关不良事件 (irAE) 可能会产生问题,需要停止治疗。迫...
生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估
德州理工大学健康科学中心 Texas Tech University Health Sciences Center 全美医学排名前一百,其中临床全美排名19(U...
aPEAR包可以通过检测相似路径的聚类并将其可视化为富集网络,简化路径富集分析结果,其中节点和边分别描述路径和它们之间的相似性。这减少了重叠路径的冗余,并有助于...
文献:Erik Faessler and others, GEPI: large-scale text mining, customized retrieval...
总共4个分组的差异分析,频率为4的基因就是共同的差异表达基因。我们选择3个来显示:
oncoPredict:一个用于预测体内或癌症患者药物反应和细胞系筛查数据的生物标志物的R包
Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP)