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根据得到的单细胞分割结果,对数据部分特征性的cluster进行了注释,脑区中注释得到了包括:可分化为神经元和星形胶质细胞的少突胶质祖细胞,参与血脑屏障的周细胞,...
一般得到10X Genomics的下机数据之后,我们需要使用Cellranger软件进行上游数据的处理,并且生成网页报告。
文章标题:《Neuregulin 4 suppresses NASH-HCC development by restraining tumor-prone li...
背景:胰腺导管腺癌 (PDAC) 样本的bulk RNA 分析因肿瘤微环境 (TME:即来自成纤维细胞、内分泌、外分泌和免疫细胞的信号) 而变得复杂。虽然已经建...
其实文章所演示的研究者们开发的GPTCelltype做单细胞亚群注释这个过程,我们自己也是在chatGPT界面操作过,就是拿到了各个单细胞亚群的基因后的跟cha...
学徒作业的要求是:从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后,继续细分降维聚类拿...
在进行UMAP可视化时,经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化,但是有时不能画出我们想要的结果,这时应该怎么办呢?
文章标题:《The neurons that restore walking after paralysis》
单细胞数据集允许以高分辨率研究如早期发育等生物过程。虽然对一个细胞进行测序后,它就被破坏了,因此其定义特性不能在以后的时间点再次测量,但是我们可以通过快照来研究...
单细胞测序技术提供了生物组织的高分辨率测量[Islam等人,2011年],[Hwang等人,2018年]。研究人员可以通过单细胞测序的方法来理解细胞异质性[Br...
文章标题:《A single‐cell RNA expression atlas of normal, preneoplastic and tumorigeni...
背景:重症的可靠预后生物标志物可作为重症 COVID-19 复发的早期指标,以及对患者进行抗病毒治疗的分类。
首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。sce.all_int.rds为按照生信技能树降维聚类分群代码流程得到的seurat对象。关于文章提供的细胞注释信...
文章标题:《Human striatal glia differentially contribute to AD- and PD-specific neuro...
目前,国内已有多家企业拥有自主研发的空间转录组学芯片产品。例如,百创自主研发的S1000、以及华大时空组学技术 Stereo-seq和国外公司10X Genom...
背景:胃腺癌 (STAD) 表现出严重的肿瘤异质性,这带来了巨大的治疗挑战。单细胞测序技术是鉴定特征细胞类型的有力工具。
在进行单细胞数据挖掘过程中,为了探明细胞亚群基因集的富集情况,通常会对细胞亚群进行基因集打分。通过对细胞亚群进行基因集打分,再通过画图可视化展示,可以看清各个细...
文章关心的是Atrial fibrillation (AFib) 这个疾病,纳入了病人样品和对照样品, 如下所示:
这篇推文的目的是探索一些重要参数对后续分群UMAP可视化的影响。参数主要考虑:高变基因个数;pca维数;UMAP中的n_neighbors,min_dist和d...
该研究通过运用scRNA测序技术,深入探索了胶质母细胞瘤(GBM)发展过程中的免疫微环境。在这种无法治愈的原发性恶性脑癌中,发现了大量的促肿瘤免疫成分。研究表明...
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