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  • Seurat教程上新||Mixscape : 用多模态单细胞数据筛选免疫检查点

    PD-L1等抑制性免疫检查点分子的表达在人类癌症中较为常见,可导致T细胞介导的免疫应答的抑制。在这里,我们应用ECCITE-seq技术来探索调控PD-L1表达的...

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  • 13种人体组织的单细胞RNA测序鉴定人类冠状病毒感染的细胞类型和受体

    今天介绍的文献于2020年5月21号发表在Biochem Biophys Res Commun.上,文章题目是:Single cell RNA sequenci...

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  • 细胞通讯-iTALK使用方法

    多细胞生物由不同类型的细胞组成,单个细胞之间的行为协调需要建立通讯网络。例如生物体的生长发育、分化、各种组织器官的形成、维持以及各种生理活动的协调,都需要高效和...

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  • 基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATE

    单细胞转录组是揭示细胞异质性的的有力武器,鉴于肿瘤的异质性,这一点在肿瘤样本中表现尤为突出。所以肿瘤样本的单细胞转录组就不只是无监督地分个群那么简单,基于我们对...

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  • COVID-19患者恢复阶段的单细胞免疫图谱

    今天分享的文献是2020年5月4日,在Cell Discovery杂志上在线发表题为“Immune cell profiling of COVID-19 pat...

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  • Hedgehog在伤口愈合过程中通过制造可被诱导的真皮促进HF新生

    今天带分享的这篇文章2018年发表在NC上,题为:Hedgehog stimulates hair follicle neogenesis by creatin...

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  • Seurat3教程: 自定义降维方法MDS

    我们知道单细胞转录组数据一个主要的特点就是数据稀疏,维度较高。基于此,Seurat提供了不少降维的方法:

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  • COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析

    与COVID-19严重性相关的呼吸免疫特性目前还不清楚。作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞,进行单细胞转录组测序。发...

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  • 如何读取单细胞数据

    注:同方法二,如果没有 “all.datatable.txt” 的文件,也可忽略此步骤。这里只是提供多种情况下的读入方法。(想尝试的话,方法一有生成 “all....

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  • 单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略

    随着单细胞技术的成熟,单细胞数据分析往往不再是单个组织样本,这有时候在计算(资源与时间)上是一个挑战。为此,Seurat也提供了可以探索的并行策略。鉴于入门单细...

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  • 单细胞数据科学的十一个重大挑战

    随着单细胞技术的成熟,人们得以在单细胞水平观摩生命现象了,在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍,其中最常见的就是测序技...

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  • 如果你的单细胞转录组项目只有一个稀疏矩阵如何下游分析呢

    我发现 GSE127465_human_counts_normalized_54773x41861.mtx.gz 没有啥问题,妥妥的稀疏矩阵,但是 GSE127...

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  • 单细胞小提琴图自己画

    小提琴图在单细胞领域应用非常广泛,能比较好的展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况,如下:

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  • 10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析

    比如SRR7722939数据集里面,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩阵的行名和列名:

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  • SCRNA-seq聚类分析(二)

    单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准备工作 scRNA-seq——读入数据详解 scRNA-se...

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  • 长期限制卡路里的摄入可以延缓衰老吗?

    今天分享的这篇文章2018年11月发表在期刊Cell上,文章题目为:Identity Noise and Adipogenic Traits Character...

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  • 单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据

    在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组,那么怎样才能把两者结合到一起呢?

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  • BatchBench比较scRNA批次矫正方法

    当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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  • 特殊物种cellranger基因组质量评估

    序列文件就是基因组的序列以fa格式存储,这里我们看到在GRCh38版本中染色体两端加了很多N。 从序列文件我们可以得到什么?

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  • scRNA-seq聚类分析(一)

    现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行一些步骤。我们的数据集包含来自两个不同条件(Control and Stimul...

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