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根据线粒体基因进行过滤
可视化
数据
统计
对象
脚本
上篇推文中对ncount_RNA 和nFeature_RNA进行了可视化，然后基于可视化结果进行了阈值的判断，并且也给大家分享了在实际分析中的应用
生信技能树jimmy
2024-05-01
117
0
人类健康呼吸道的单细胞图谱
data
table
开发
数据
文章标题：《A Single-Cell Atlas of the Human Healthy Airways》
生信技能树jimmy
2024-04-30
96
0
单细胞转录组揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞及其器官特异性转移
通信
效率
迁移
crc
数据
本研究研究通过scRNA和ST技术，详细探索了原发性结直肠癌（CRC）及其肝脏（lCRC）和卵巢（oCRC）转移的癌细胞异质性。发现一个表达蛋白酪氨酸磷酸酶受体型O（PTPRO）和刺蛾型乙基基因2（ASCL2）的类干细胞群体是转移的主要原因。这些类干细胞还显示出向肝脏或卵巢转移的特异性倾向。类干细胞与肿瘤相关成纤维细胞和内皮细胞通过DLL4-NOTCH信号通路进行交互作用，从而实现从原发性CRC到卵巢的转移。在卵巢转移的微环境中，肌成纤维细胞为癌细胞提供谷氨酰胺，并执行代谢重编程，这可能对癌细胞在卵巢中的定位和发展至关重要。本研究揭示了结直肠癌特定器官转移的机制，特别强调了干细胞在肿瘤转移中的作用及其与肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用。
生信技能树jimmy
2024-04-30
119
0
Demo上新 || 百创S3000空间转录芯片鼠脑Demo数据
智能制造
服务
数据
芯片
研发
百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。
生信技能树jimmy
2024-04-28
95
0
ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤
input
对象
脚本
可视化
数据
上次给大家简单整理了一下细胞鉴定曲线图理解，里面使用nCount_RNA或者nFeature_RNA在R语言里面绘制细胞鉴定曲线，找到一个合适的cutoff值，进行了一个初步的质控。
生信技能树jimmy
2024-04-28
115
0
人海绵体单细胞转录组图谱
marker
框架
数据
数据库
csv
文章标题：《Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum》
生信技能树jimmy
2024-04-28
81
0
如何整合10x和smart-seq2技术平台的单细胞转录组数据
原理
python
https
编程语言
数据
绝大部分的技术原理介绍会从 单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到，其实并不那么的初学者友好。给大家推荐了一个高度精炼的综述，这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志，标题是：《Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses》，链接是：https://www.nature.com/articles/s12276-020-00499-2
生信技能树jimmy
2024-04-28
93
0
最新Demo||百创S3000空间转录芯片Demo数据
软件
数据
芯片
性能
研发
根据得到的单细胞分割结果，对数据部分特征性的cluster进行了注释，脑区中注释得到了包括：可分化为神经元和星形胶质细胞的少突胶质祖细胞，参与血脑屏障的周细胞，少突胶质细胞，星形细胞，中间神经元，三叉神经细胞，在胚胎发育和出生后生活的不同时期，发育大脑皮层边缘区/I层和未成熟海马体中的形态和分子上不同的产生细胞类型的Cajal Retzius细胞，内皮细胞，Ependymal细胞，神经干细胞/前体细胞，小胶质细胞，成纤维细胞，神秘的松果体细胞，光感受细胞，脉络丛细胞。
生信技能树jimmy
2024-04-19
113
0
细胞鉴定曲线图理解
可视化
排序
数据
数据分析
对象
一般得到10X Genomics的下机数据之后，我们需要使用Cellranger软件进行上游数据的处理，并且生成网页报告。
生信技能树jimmy
2024-04-19
133
0
神经调节蛋白4通过抑制肿瘤易发的肝脏微环境抑制NASH-HCC的发展
数据
统计
cell
编程
集群
文章标题：《Neuregulin 4 suppresses NASH-HCC development by restraining tumor-prone liver microenvironment》
生信技能树jimmy
2024-04-19
86
0
单细胞分析揭示协同作用的肿瘤微环境动态有助于确定胰腺癌的亚型
模型
数据
网络
工作
基础
背景：胰腺导管腺癌 （PDAC） 样本的bulk RNA 分析因肿瘤微环境 （TME:即来自成纤维细胞、内分泌、外分泌和免疫细胞的信号） 而变得复杂。虽然已经建立了具有预后意义的肿瘤和基质亚型，但对驱动不同免疫和基质图谱的潜在信号的理解仍然不完整。
生信技能树jimmy
2024-04-19
131
0
一行代码就能发生信顶刊的GPTCelltype做单细胞亚群注释
测试
对象
接口
数据
chatgpt
其实文章所演示的研究者们开发的GPTCelltype做单细胞亚群注释这个过程，我们自己也是在chatGPT界面操作过，就是拿到了各个单细胞亚群的基因后的跟chatGPT普通的对话而已：
生信技能树jimmy
2024-04-15
147
0
学徒作业|GSE217845-胰腺癌中的巨噬细胞细分亚群
数据
height
int
table
width
学徒作业的要求是：从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后，继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞，然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的：
生信技能树jimmy
2024-04-15
162
0
scanpy的UMAP可视化高级版
map
可视化
数据
data
embedding
在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？
生信技能树jimmy
2024-04-15
181
0
瘫痪后恢复行走能力的神经元研究
机器人
data
设计
数据
系统
文章标题：《The neurons that restore walking after paralysis》
生信技能树jimmy
2024-04-15
65
0
单细胞测序最好的教程（十六）：关于RNA速率你想知道的都在这
深度学习
velocity
教程
模型
数据
单细胞数据集允许以高分辨率研究如早期发育等生物过程。虽然对一个细胞进行测序后，它就被破坏了，因此其定义特性不能在以后的时间点再次测量，但是我们可以通过快照来研究不同状态的细胞。此外，值得注意的是，传统的实验技术不仅不能在不同的时间测量细胞的一般特性，而且也未能测量这些细胞变化发生的速度。但是我们却可以通过轨迹推断（TI）领域的工具来恢复细胞的状态空间。但是传统的算法仅从细胞相似度以及表达矩阵两个维度去衡量，一定程度上缺失了相关内容。
生信技能树jimmy
2024-04-15
200
0
单细胞测序最好的教程（十五）：最具代表性的拟时序计算模型合集
模型
数据
算法
教程
连接
单细胞测序技术提供了生物组织的高分辨率测量[Islam等人，2011年]，[Hwang等人，2018年]。研究人员可以通过单细胞测序的方法来理解细胞异质性[Briggs等人，2018年]，[Sikkema等人，2022年]以及生物过程的动态[Jardine等人，2021年]，[He等人，2022年]。例如量化细胞命运以及识别驱动该过程的基因。然而，我们在测序的时候，细胞会直接死亡，无法再继续发育，因此，我们所获得的单细胞测序数据，如同照相机的照片一样，仅是一张快照，但是这一张快照上包含了不同时间点的细胞，因此，我们可以从这张快照上估计细胞潜在的动态过程。
生信技能树jimmy
2024-04-15
226
0
人类乳腺的正常、癌前和肿瘤状态单细胞RNA表达图谱
集群
数据
服务器
函数
基础
文章标题：《A single‐cell RNA expression atlas of normal, preneoplastic and tumorigenic states in the human breast》
生信技能树jimmy
2024-04-03
101
0
早期外周血 MCEMP1 和 HLA-DRA 可作为重度和轻度 COVID-19 患者的早期预后生物标志物
框架
事件
数据
队列
开发
背景：重症的可靠预后生物标志物可作为重症 COVID-19 复发的早期指标，以及对患者进行抗病毒治疗的分类。
生信技能树jimmy
2024-04-02
141
0
如何利用文献中的细胞注释信息
matrix
txt
变量
对象
可视化
首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。sce.all_int.rds为按照生信技能树降维聚类分群代码流程得到的seurat对象。关于文章提供的细胞注释信息下载和整合详见推文：降维聚类分群的umap图真的重要吗
生信技能树jimmy
2024-04-01
139
0
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腾讯技术创作狂欢月
“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！
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