前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
社区首页 >专栏 >生化小课 | 纤维蛋白适应结构功能

生化小课 | 纤维蛋白适应结构功能

作者头像
尐尐呅
发布于 2023-09-22 06:30:45
发布于 2023-09-22 06:30:45
5890
举报
纤维蛋白适应结构功能

α-角蛋白、胶原蛋白和丝素蛋白很好地说明了蛋白质结构与生物功能之间的关系(表4-2)。纤维蛋白具有赋予其所在结构强度和/或灵活性的特性。在每种情况下,基本结构单元都是二级结构的简单重复元件。所有纤维蛋白均不溶于水,这一特性是由蛋白质内部及其表面的高浓度疏水性氨基酸残基赋予的。这些疏水表面大部分被掩埋,因为许多相似的多肽链堆积在一起形成复杂的超分子复合物。纤维蛋白潜在的结构简单性使其特别有助于阐明前面讨论的蛋白质结构的一些基本原理。

α-角蛋白(α-Keratin)进化是为了增强强度。这些蛋白质仅存在于哺乳动物中,几乎构成了头发、羊毛、指甲、爪子、羽毛笔、角和蹄以及大部分皮肤外层的全部干重。α-角蛋白是一个更广泛的蛋白质家族的一部分,称为中间丝 (IF) 蛋白质。其他IF蛋白存在于动物细胞的细胞骨架中。所有IF蛋白都具有结构功能,并具有α-角蛋白所示例的结构特征。

α-角蛋白螺旋是右旋α螺旋,与许多其他蛋白质中发现的螺旋相同。Francis Crick和Linus Pauling在20世纪50年代初独立提出,角蛋白的α螺旋排列成螺旋状。两条平行取向的α-角蛋白链(氨基末端在同一端)相互缠绕,形成超扭曲的螺旋。超扭曲增强了整体结构的强度,就像绞合股线形成坚固的绳索一样(图4-10)。α 螺旋轴扭转形成盘绕线圈,解释了 Pauling和Corey预测的α螺旋每圈5.4Å与头发 X射线衍射中观察到的5.15至5.2Å重复结构之间的差异。超扭曲的螺旋路径是左手的,与α螺旋的意义相反。两个α螺旋接触的表面由疏水性氨基酸残基组成,它们的R基团以规则的互锁模式啮合在一起。这允许左手超扭曲内的多肽链紧密堆积。毫不奇怪,α-角蛋白富含疏水残基Ala、Val、Leu、Ile、Met和Phe。

α-角蛋白卷曲螺旋中的单个多肽具有相对简单的三级结构,以α-螺旋二级结构为主,其螺旋轴扭转为左手超螺旋。两个α-螺旋多肽的缠绕是四级结构的一个例子。这种类型的卷曲线圈是丝状蛋白和肌肉蛋白肌球蛋白中常见的结构元件(见图 5-26)。α-角蛋白的四级结构可能相当复杂。许多盘绕的线圈可以组装成大型超分子复合物,例如形成头发中间丝的α-角蛋白的排列(图4-10b)。

纤维蛋白的强度通过多螺旋“绳索”中多肽链之间以及超分子组装中相邻链之间的共价交联而增强。在α-角蛋白中,稳定四级结构的交联是二硫键。在最坚硬、最坚韧的α-角蛋白中,例如犀牛角的角蛋白,高达18%的残基是参与二硫键的半胱氨酸。

胶原蛋白与α-角蛋白一样,胶原蛋白也经过进化以提供强度。它存在于结缔组织中,如肌腱、软骨、骨骼的有机基质和眼睛的角膜。事实上,胶原蛋白是哺乳动物中最丰富的蛋白质,通常占总蛋白质含量的25%至35% 胶原蛋白螺旋是一种独特的二级结构,与α螺旋截然不同。它是左旋的,每圈有3个氨基酸残基(图4-11和表4-1)。胶原蛋白也是一种卷曲的螺旋,但具有独特的三级和四级结构:三个独立的多肽,称为α链(不要与α螺旋混淆),彼此扭曲。胶原蛋白中的超螺旋扭曲是右旋的,与α链的左旋螺旋相反。

脊椎动物胶原蛋白有多种类型。通常,它们含有约35%的甘氨酸、11%的丙氨酸、21%的脯氨酸和4-Hyp(4-羟脯氨酸,一种不常见的氨基酸;见图 3-8a)。食品明胶源自胶原蛋白。作为蛋白质,它几乎没有营养价值,因为胶原蛋白在人类饮食中所必需的许多氨基酸中含量极低。胶原蛋白异常的氨基酸含量与胶原蛋白螺旋特有的结构限制有关。胶原蛋白中的氨基酸序列通常是重复的三肽单元,Gly–X–Y,其中X通常是Pro,Y通常是4-Hyp。只有甘氨酸残基才能容纳在各个α链之间非常紧密的连接处(图 4-11b)。Pro和4-Hyp残基允许胶原蛋白螺旋急剧扭曲。胶原蛋白的氨基酸序列和超扭曲四级结构使其三种多肽能够非常紧密地堆积。4-羟脯氨酸在胶原蛋白的结构以及人类历史中具有特殊的作用。

胶原蛋白三螺旋中α链的紧密包裹提供了比同等横截面的钢丝更大的拉伸强度。胶原原纤维(图4-12)是由三螺旋胶原分子(有时称为原胶原分子)组成的超分子组装体,这些分子以多种方式结合以提供不同程度的拉伸强度。胶原蛋白分子的α链和原纤维的胶原蛋白分子通过不寻常类型的共价键交联,这些共价键涉及存在于一些X和Y位置的Lys、HyLys(5-羟基赖氨酸)或His残基。这些连接产生不常见的氨基酸残基,例如脱氢羟基赖氨酸-氨基亮氨酸。老化结缔组织日益僵硬和脆弱的特性是由于胶原原纤维中积累的共价交联造成的。

典型的哺乳动物有超过30种胶原蛋白结构变体,特别是针对某些组织,每种结构在序列和功能上都有些不同。胶原蛋白结构中的一些人类遗传缺陷说明了该蛋白质中氨基酸序列和三维结构之间的密切关系。成骨不全症的特点是婴儿骨形成异常;这种情况至少有八种不同严重程度的变种发生在人群中。埃勒斯-当洛斯综合征的特点是关节松动,人类中至少存在六种变异。作曲家尼科洛·帕格尼尼(Niccolò Paganini,1782-1840 年)以其看似不可能的小提琴演奏技巧而闻名。他患有埃勒斯-当洛斯综合症的一种变体,这使得他实际上是双关节的。在这两种疾病中,一些变异可能是致命的,而另一些变异则会导致终身问题。

丝素蛋白(Fibroin)是由昆虫和蜘蛛产生的。其多肽链主要呈β构象。丝蛋白富含Ala和Gly残基,允许紧密堆积的β折叠和联锁排列的R基团(图4-13)。通过每个β折叠的多肽中的所有肽键之间的广泛氢键以及通过折叠之间的范德华相互作用的优化来稳定整体结构。丝不拉伸,因为β构象已经高度延伸(图4-5)。然而,这种结构是灵活的,因为薄片是通过许多弱相互作用而不是像α-角蛋白中的二硫键那样通过共价键结合在一起的。

Principles of Biochemistry

本栏目信息及图片均来源于Lehninger Principles of Biochemistry 第八版,其中文字信息为英文原版的小编翻译/整理版,仅供学习交流使用,欢迎在留言区或私信听课君提供宝贵意见,如有侵权请联系删除。

部分WORKED EXAMPLE及全部Chapter Review未纳入翻译整理范围,如有需要建议参考原版图书该部分内容学习。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2023-09-22 11:00,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 国家基因库大数据平台 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
暂无评论
推荐阅读
编辑精选文章
换一批
Nat. Biotechnol. | 通过全新设计的蛋白质激发功能
今天为大家介绍的是来自Po-Ssu Huang团队的一篇论文。蛋白质中的信息流是从序列到结构再到功能,每一步都是由前一步驱动的。蛋白质设计的基础是反转这一过程:指定一个期望的功能,设计执行这个功能的结构,并找到一个能够折叠成这个结构的序列。这个“中心法则”几乎是所有全新蛋白质设计工作的基础。我们完成这些任务的能力依赖于我们对蛋白质折叠和功能的理解,以及我们将这种理解捕捉到计算方法中的能力。近年来,深度学习衍生的方法在高效和准确的结构建模和成功设计的丰富化方面使我们能够超越蛋白质结构的设计,向功能蛋白质的设计前进。
DrugAI
2024/04/12
1090
Nat. Biotechnol. | 通过全新设计的蛋白质激发功能
生化小课 | 氨基酸序列决定三级结构
球状蛋白质的三级结构由其氨基酸序列决定。这方面最重要的证据来自实验,表明某些蛋白质的变性是可逆的。某些通过加热、极端pH或变性试剂变性的球状蛋白质,如果恢复到天然构象稳定的条件下,将恢复其天然结构和生物活性。这个过程被称为复性。
尐尐呅
2023/11/24
4700
生化小课 | 氨基酸序列决定三级结构
生化小课 | 蛋白质的四级结构范围从简单的二聚体到大的复合物(含蛋白质三级和四级结构 小结)
许多蛋白质具有多个多肽亚基(从两个到数百个)。多肽链的结合可以发挥多种功能。许多多亚基蛋白具有调节作用;小分子的结合可能会影响亚基之间的相互作用,导致蛋白质活性的巨大变化,以响应底物或调节分子浓度的微小变化。在其他情况下,单独的亚基承担单独但相关的功能,例如催化和调节。一些关联,例如在本章前面讨论的纤维蛋白和病毒外壳蛋白中看到的关联,主要发挥结构作用。一些非常大的蛋白质组装体是复杂的多步骤反应的场所。例如,每个核糖体(即蛋白质合成位点)都包含数十个蛋白质亚基以及 RNA 分子。
尐尐呅
2023/11/10
7530
生化小课 |  蛋白质的四级结构范围从简单的二聚体到大的复合物(含蛋白质三级和四级结构 小结)
生化小课 | 多肽通过分步过程快速折叠
在活细胞中,蛋白质以非常高的速度由氨基酸组装而成。例如,大肠杆菌细胞可以在37℃下约5秒内内形成一个完整的、含有100个氨基酸残基的生物活性蛋白质分子。然而,仅仅在核糖体上合成肽键是不够的;蛋白质必须折叠。
尐尐呅
2023/12/04
3100
生化小课 | 多肽通过分步过程快速折叠
生化小课 | 氨基酸序列影响α螺旋的稳定性
并非所有多肽都能形成稳定的α螺旋。多肽中的每个氨基酸残基都有形成α螺旋的内在倾向,这反映了R基团的性质以及它们如何影响相邻主链原子占据特征φ和ψ角的能力。在大多数实验模型体系中,丙氨酸表现出最大的形成α螺旋的倾向。
尐尐呅
2023/09/06
3.1K0
生化小课 | 氨基酸序列影响α螺旋的稳定性
生化小课 | 不常见的氨基酸也有重要功能
除了20种常见氨基酸外,蛋白质还可能含有通过修饰已纳入多肽的常见残基而产生的残基,即通过合成后修饰(图3-8a)。在这些不常见的氨基酸中,有 4-羟基脯氨酸(在纤维蛋白胶原中发现的脯氨酸衍生物)和 γ-羧基谷氨酸(在凝血蛋白凝血酶原和某些其他结合 Ca 2+ 的蛋白质中发现,作为其生物学功能的一部分)。更复杂的是锁链素,它是四个赖氨酸残基的衍生物,存在于纤维蛋白弹性蛋白中。
尐尐呅
2023/09/06
3640
生化小课 | 不常见的氨基酸也有重要功能
生化小课 | 生物活性肽和多肽的大小和组成范围很广
关于生物活性肽和蛋白质的分子量与其功能的关系不能一概而论。天然存在的多肽长度从两个到数千个氨基酸残基不等。即使是最小的肽也能产生重要的生物学效应。以商业合成的二肽L-天冬氨酰-L-苯丙氨酸甲酯为例,这是一种人造甜味剂,更广为人知的名称是阿斯巴甜或NutraSweet。
尐尐呅
2023/09/06
4440
生化小课 | 生物活性肽和多肽的大小和组成范围很广
生化小课 | 蛋白质的构象主要是通过弱相互作用来稳定的
稳定性(Stability)是蛋白质保持其原生构象的趋势。天然蛋白质只具有较小的稳定性,即在生理条件下,典型蛋白质的折叠和展开状态的ΔG只有5至65 kJ/mol的范围。一个给定的多肽链理论上可以假定无数构象,因此,蛋白质的未折叠状态具有高度的构象熵。这种熵以及多肽链中许多基团与溶剂(水)之间的氢键相互作用,导致维持未折叠状态。化学相互作用可以抵消这些影响并稳定天然构象,包括二硫键(共价键)以及第二章中描述的弱(非共价)相互作用和力,如氢键、疏水效应和离子相互作用。
尐尐呅
2023/09/06
1.2K0
生化小课 | 蛋白质的构象主要是通过弱相互作用来稳定的
生化小课 | 蛋白质折叠缺陷是许多人类遗传疾病的分子基础(含 蛋白质变性和折叠 小结)
蛋白质错误折叠是所有细胞中的一个重大问题。尽管有许多过程有助于蛋白质折叠,但合成的所有多肽中的四分之一或更多可能会因为它们不能正确折叠而被破坏。在某些情况下,错误折叠会导致或促成严重疾病的发展。
尐尐呅
2023/12/15
6200
生化小课 |  蛋白质折叠缺陷是许多人类遗传疾病的分子基础(含 蛋白质变性和折叠 小结)
(4)分子生物学专业名词
1、氨基酸残基:组成多肽的氨基酸在相互结合时,由于其部分基团参与了肽键的形成而失去一分子水,因此把多肽中的氨基酸单位称为氨基酸残基。即由肽键链接的氨基酸失水部分。
生信real
2020/08/26
1.3K0
(4)分子生物学专业名词
生化小课 | 肽键是刚性且平面的(含蛋白质结构概述 小结)
共价键也对多肽的构象施加了重要的限制。20世纪30年代末,Linus Pauling和Robert Corey开始了一系列研究,为我们目前对蛋白质结构的理解奠定了基础。他们从仔细分析肽键开始。
尐尐呅
2023/09/06
1.5K0
生化小课 |  肽键是刚性且平面的(含蛋白质结构概述 小结)
生化小课 | 一些蛋白质会发生辅助折叠
并非所有蛋白质在细胞中合成时都会自发折叠。许多蛋白质的折叠需要分子伴侣,即与部分折叠或不正确折叠的多肽相互作用的蛋白质,促进正确的折叠途径或提供可以发生折叠的微环境。在从细菌到人类的生物体中发现了几种类型的分子伴侣。两个主要的伴侣家族是 Hsp70家族和伴侣蛋白,这两个家族都经过了深入的研究。
尐尐呅
2023/12/13
3240
生化小课 | 一些蛋白质会发生辅助折叠
生化小课 | β构象将多肽链组织成折叠
1951年,Pauling和Corey预测了第二种重复结构,即β构象(β conformation)。这是多肽链的一种更延伸的构象,其结构再次由根据一组特征二面角排列的主链原子定义。在β构象中,多肽链的主链延伸成锯齿状而非螺旋状结构(图4-5)。β构象中的单个蛋白质片段通常被称为β链。多条链并排排列,全部呈 β 构象,称为 β 折叠(β sheet)。单个多肽片段的之字形结构导致整个片的褶皱外观。氢键在片内多肽链的相邻片段的主链原子之间形成。形成β片的单个片段通常在多肽链上相邻,但在多肽的线性序列中也可能彼此相距很远;它们甚至可以在不同的多肽链中。相邻氨基酸的R基团从之字形结构中向相反方向突出,形成了图4-5侧视图中所示的交替模式。
尐尐呅
2023/09/06
7490
生化小课 | β构象将多肽链组织成折叠
生化小课 | β转角在蛋白质中很常见
在具有紧凑折叠结构的球状蛋白中,一些氨基酸残基在多肽链反转方向处呈轮转或环状(图4-6)。这些是连接连续的α螺旋或β构象的连接元件。特别常见的是连接反向平行β折叠的两个相邻片段末端的β转角(β turns)。该结构是一个180°转弯,涉及四个氨基酸残基,第一个残基的羰基氧与第四个残基的氨基氢形成氢键。中心两个残基的肽基团不参与任何残基间氢键结合。已经描述了几种类型的 β转角,每种类型均由连接构成特定转角的四个氨基酸残基的键的ϕ和ψ角定义。甘氨酸和脯氨酸残基经常出现在β转角中,前者是因为它小而灵活,后者是因为涉及脯氨酸亚氨基氮的肽键很容易呈现顺式构型(图4-7),这种形式特别适合于紧密转弯。图4-6所示的两种β 转角是最常见的。β转角经常出现在蛋白质表面附近,其中转角中心两个氨基酸残基的肽基可以与水形成氢键。γ转角相当不常见,它是一个三残基转角,第一个和第三个残基之间有一个氢键。
尐尐呅
2023/09/06
1.6K0
生化小课 | β转角在蛋白质中很常见
bioRxiv|利用生成式AI进行初级结构生物学建模
近年来,基于人工智能的科研能力和应用取得了显著进展。在蛋白质结构预测领域,AlphaFold2和RoseTTAFold等基于AI的专用工具已经取得了令人瞩目的成果,它们能够以高精度对蛋白质结构进行建模,其精度可与低分辨率实验结构相媲美。这些工具依赖于蛋白质序列和结构数据集进行训练,并采用专门的神经网络架构。另一类基于AI的蛋白质结构预测工具是蛋白质语言模型,它们根据蛋白质序列进行训练,而非直接针对结构。
智药邦
2024/10/08
1810
bioRxiv|利用生成式AI进行初级结构生物学建模
生化小课 | 常见的二级结构具有特征性的二面角
α螺旋和β构象是多种蛋白质中主要的重复二级结构,尽管在某些特殊蛋白质中还存在其他重复结构(例如胶原蛋白,见图 4-12)每一种二级结构都可以通过与每个残基相关的二面角φ和ψ来完整描述。Ramachandran图是由G.N. Ramachandran引入的,是将特定蛋白质结构中观察到的所有φ和ψ角可视化的有用工具,通常用于测试三维蛋白质结构的质量。在Ramachandran图中,定义α螺旋和β构象的二面角落在空间允许结构的相对有限的范围内(图4-8a)。已知蛋白质结构的φ和ψ的大部分值落在预期的区域,如预测的那样,α螺旋和β构象值附近浓度较高(图4-8b)。唯一经常在这些区域之外的构象中发现的氨基酸残基是甘氨酸。由于Gly残基的侧链很小,它可以参与许多其他氨基酸在空间上禁止的构象。在这些区域之外的构象中经常发现的唯一氨基酸残基是甘氨酸。由于其侧链较小,甘氨酸残基可以参与许多其他氨基酸在空间上禁止的构象
尐尐呅
2023/09/19
6250
生化小课 | 常见的二级结构具有特征性的二面角
成功预测98.5%人类蛋白质结构再登Nature,从头说说AlphaFold2的雄心壮志
7月22日,DeepMind创始人哈撒比斯在官网上发布了一篇名为《把AlphaFold的力量交到全世界的手中》的文章。
大数据文摘
2021/07/29
7550
生化小课 | 蛋白质结构的丧失导致功能的丧失
蛋白质结构已经进化到在特定的细胞或细胞外环境中起作用。与这些环境不同的条件会导致蛋白质结构或大或小的变化。三维结构的丧失足以导致功能的丧失被称为变性。变性状态不一定等同于蛋白质的完全展开和构象的随机化。在大多数情况下,变性蛋白质以一组部分折叠状态存在。
尐尐呅
2023/11/17
2170
生化小课 | 蛋白质结构的丧失导致功能的丧失
ACS Nano | 基于计算机的抗菌肽发现框架
抗生素耐药性,是人类社会中最严重的医疗问题之一,目前每年在欧洲造成超过2.5万人死亡,在美国造成3.5万人死亡。几十年来,具有抗菌素耐药性的微生物数量一直在增加。这些微生物引起的感染缺乏有效的治疗方案。在过去几十年里,人们发现抗生素缺乏,严重影响了经济和人类的福祉。因此,当前重要的是,人类必须开发出能够对抗耐多药微生物,并减缓抗生素耐药性的进化和传播的抗菌素。
DrugScience
2021/03/18
1.1K0
ACS Nano | 基于计算机的抗菌肽发现框架
生化小课 | 血红蛋白亚基在结构上与肌红蛋白相似
血红蛋白(Mr 64,500;缩写Hb)大致为球形,直径约5.5 nm。它是一种四聚体蛋白,含有四个血红素辅基,每个多肽链一个辅基。成人血红蛋白含有两种珠蛋白:两条α链(每条141个残基)和两条β链(每条146个残基)。这两种亚基的三维结构彼此之间以及与肌红蛋白非常相似(图5-6),反映了它们在更大的珠蛋白超家族中的进化。然而,在α和β亚基的多肽序列中,只有不到一半的氨基酸残基是相同的,三个多肽中只有27个是相同的(图5-7)。肌红蛋白的螺旋命名惯例也适用于血红蛋白多肽,只是α亚基缺少短D螺旋。血红蛋白结合袋主要由每个亚基中的E和F螺旋组成。
尐尐呅
2024/03/13
6680
生化小课 | 血红蛋白亚基在结构上与肌红蛋白相似
推荐阅读
相关推荐
Nat. Biotechnol. | 通过全新设计的蛋白质激发功能
更多 >
领券
社区富文本编辑器全新改版!诚邀体验~
全新交互,全新视觉,新增快捷键、悬浮工具栏、高亮块等功能并同时优化现有功能,全面提升创作效率和体验
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档
查看详情【社区公告】 技术创作特训营有奖征文