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在前文scRNA-seq marker identification(二),我们我们提到了差异分析,下面我们来详细了解下
使用18个已发表的“金标准”数据集,评测了14个目前常用的差异分析方法,pseudobulks方法要优于single-cell分析方法,指出现在的很多发表的差异...
ggpubr-专为学术绘图而生 由Hadley Wickham创建的ggplot2(https://ggplot2.tidyverse.org/)非常好用的可视...
我们做转录组分析,得到的数据通常是raw counts 的数据,raw counts 的数据有很多R包进行归一化。在TCGA数据库中下载的RNA-Seq的数据就...
单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况,业内称之为doublets或multip...
在对单细胞数据的处理中,常常遇到需要对两个或者多个数据集进行整合分析的情况,其中就涉及到数据集的矫正问题,今天我们基于Seurat来为大家介绍几种数据整合的方法...
基于文章:探索「老药新用」最短路径:亚马逊AI Lab开源大规模药物重定位知识图谱DRKG,记录了该项目的实际部署与探索过程,供参考。
降维是机器学习中的可视化和理解高维数据的强大工具。t-SNE是最广泛使用的可视化技术之一,但其性能在大型数据集中会受到影响。
后缀为cel的芯片文件,对应的芯片平台为Affymetrix, 针对这一平台的数据,可以通过R包affy来读取,读取时我们需要以下两种文件
bed格式文件至少包括前3列,分别是:染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以,文件的后缀名也不...
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件,比对速度非常快,最大的优势是灵敏度高,GATK推荐采用STAR比对,然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在...
本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。CIRCexplorer3是2019年发表在Genomics...
作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。
在 ComplexHeatmap 中单个热图由热图主体和热图组件组成。热图主体可按行或列进行拆分。热图组件包括标题,进化树,矩阵名称和热图注释,可分别放置于热图...
二是绘图区域,绘图区域又细分为两个部分:绘图边距(margins)和主绘图(main plot area)。
GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析。
大家好!今天推荐一篇Nature biotechnology的文章,“Oncoprotein-specific molecular interaction ma...
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edg...
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭