量子化学

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用户7592569

激发态计算入门

一个分子可以有很多的电子态,其中能量最低的称为基态(ground state),其他的态称为激发态(excited state)。通常分子通过吸收光子从基态跃迁...

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用户7592569

用MOPAC做结构优化

MOPAC (Molecular Orbital PACkage) 是一款专注于半经验方法的量子化学程序。尽管高斯等主流的量子化学程序都支持半经验方法,但在计算...

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用户7592569

沸石等温吸附曲线的快速预测与结合能数据库:基于DFT计算结果的特征学习

沸石是一类具有优异性能的多孔铝硅酸盐材料,快速预测其吸附相关性质在气体捕集、储存与分离、催化等方面的应用具有重要意义和实用价值。材料的吸附性质可通过等温吸附曲线...

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用户7592569

Data-Driven Accelerated Sampling (DA2) 增强采样方法用于快速搜索未知的蛋白质构象

蛋白质空间结构是体现其生物功能的基础,对于蛋白质构象的深入理解具有重要的意义。实验上通常使用X射线衍射、核磁共振(NMR)和冷冻电镜等手段来解析蛋白质的空间三维...

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用户7592569

利用常见的程序做轨道局域化

本文主要介绍一下如何利用常见的程序做轨道局域化(也称定域化),为后续多参考态计算系列篇做点铺垫。轨道局域化的简介可参看《局域分子轨道简介》一文。至于如何自己写轨...

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用户7592569

MECP简介(4)——Application - When do we need MECP?

MECP作为不同自旋态的交叉点,自然是在涉及自旋交叉的反应中有着广泛的应用。这里不做展开讨论,只取一个较为经典的,N2在Mo(II)CpCl(PH3)2上配位的...

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用户7592569

几个常见的弱相互作用测试集(2):S66

文献:Jan Řezáč, Kevin E. Riley, Pavel Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427...

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用户7592569

分子轨道理论之浅见

分子轨道理论是本科化学课程中不多的基础理论之一,其重要性不言而喻,然而私以为本科阶段对分子轨道理论的定位尚有些模糊。笔者近些时候偶然间在知乎上看到有人询问分子轨...

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用户7592569

用Docker快速实现SAPT能量分解分析

现在有了更方便的技术,叫做Docker。简而言之,Docker技术是将应用封装成一个包,封装的时候把应用需要的环境也包进来了。这个打好的包被称为镜像(image...

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用户7592569

MECP (Minimum Energy Crossing Point) 简介(2)

实际上,我们已经知道了MECP的定义有两个要求,也就是首先要是CP,其次要ME,所以我们一个一个实现就可以了。

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用户7592569

几个常见的弱相互作用测试集(1):JSCH2005、S22

最近几篇推送会简单介绍几个常见的弱相互作用测试集,欢迎大家批评指正。标题中的测试集在文献中可能对应好多种英文说法,如data set、benchmark dat...

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用户7592569

df -h和du -sh看到的硬盘使用不相等?

笔者最近做一些DLPNO-CCSD(T)的计算,比较耗硬盘,就对硬盘的空间比较敏感。无意中发现有一块硬盘用df -h命令查看,始终占了比较大的空间。删掉了一些文...

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用户7592569

使用Discovery Studio执行分子对接LibDock

分子对接是把配体分子放在受体活性位点位置,找到配体-蛋白之间有利的结合模式。Libdock分子对接速度快,但是精度低,常用于从小分子数据库里筛选出与蛋白活性位点...

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用户7592569

在Windows CMD里“使用”常见Linux命令

相信不少小伙伴都曾经用过/偶尔使用Windows下的命令行终端(可按键盘组合键win+R然后输入cmd启动)

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用户7592569

Dalton使用——磷光及其相关过程

注册验证:它用的是一些计算化学方法填空的方式进行验证的。coupled后面cluster;configuration后面填interaction;Møller后...

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用户7592569

离线安装支持Intel MKL的R-3.6

R是一个常用于统计学问题和画图的免费软件(https://www.r-project.org/)。在线安装十分简单,本文主要介绍离线安装,且让R使用Intel编...

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用户7592569

Linux下做计算常用的别名alias推荐

在Linux下用高斯做计算的过程中,大家经常会使用一些grep命令从log文件中搜索某个字段,查看计算进度。这其中最常用的恐怕要属以下两个:

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用户7592569

离线安装PySCF程序(1.5及更高版本)

本公众号之前已发过《离线安装PySCF程序》一文,可在“文章分类->软件教程->PySCF”中查看。当时的安装教程适用于PySCF 1.5之前的版本,而在1.5...

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用户7592569

用ORCA做结构优化及轨迹查看

用ORCA做结构优化的关键词非常简单,与Gaussian类似,直接写上opt即可,同样也可以使用opt freq的组合,在优化完结构之后进行频率计算。示例如下:

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用户7592569

MECP (Minimum Energy Crossing Point) 简介

自旋交叉(Spin Crossover, SCO)在材料、催化等领域中有着十分广泛的应用,早在中学时我们就知道配位化合物存在高自旋(high spin, HS)...

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