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Dynamic-BW - 动态基因表达图谱【国家生物信息中心】
Dynamic BodyMap （http://bioinfo.ibp.ac.cn/Dynamic-BM/）是一个涵盖时间序列 RNA 测序数据集中多个物种的数...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:40:31
搜索、数据库、dynamic、表格、数据
bam文件转fastq的一些小tips
samtools bam2fq（现多写作 samtools fastq）在大多数场景下 I/O 密集、计算量低，单线程即可跑满磁盘带宽，再增加线程也不会明显提速...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:40:14
多线程、内存、排序、压缩、磁盘
手把手教你卷积神经网络(CNN)模型：模型性能评估和预测策略
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物中最常见的mRNA修饰类型，参与mRNA剪接、稳定性调控和翻译等关键过程。研究表明，m6A修饰异常与多种疾病密切相关，包括癌症...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:39:49
性能、深度学习、卷积神经网络、基础、模型
SATURN跨物种单细胞数据集整合实现 · 续
之前的脚本 extract.py 对每个蛋白序列的嵌入向量都存了一个单独的 .pt 文件在 embedding/Homo_sapiens.GRCh38.pep....
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:38:45
cell、embedding、path、数据、存储
CancerSCEM - 癌症单细胞表达图谱【国家生物信息中心】
癌症单细胞表达图谱（Cancer Single-cell Expression Map）（https://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem/...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:37:41
数据、搜索、统计、数据库、表格
偶尔不用人工智能大模型还蛮有成就感的
我首先使用人工智能大模型帮我汇总了这个研究的组学方面，就是系统刻画了 TP53 突变型 vs 野生型肺腺癌（LUAD）的单细胞转录组 + 空间转录组 + 多重...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:37:09
人工智能、程序、队列、模型、排序
单细胞转录组学分析揭示食管小细胞癌的上皮和微环境异质性
背景：食管小细胞癌（SCCE）是一种罕见且侵袭性强的恶性肿瘤，治疗选择有限，预后较差。临床标本的缺乏和缺乏成熟的实验模型阻碍了对其细胞异质性和肿瘤微环境的全面了...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:36:44
网络、程序、模型、数据
CellHint自动化协调与整合不同scRNA-seq数据集的细胞类型注释
单细胞研究中，不同实验室对细胞类型的定义和命名存在差异，导致数据集之间难以直接比较和整合。CellHint 基于预测聚类树（PCT，predictive clu...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:36:04
可视化、连接、数据、算法、自动化
GSA - 组学测序原始数据库【国家生物信息中心】
简单来说，你可以在这个数据库中搜索并下载测序原始数据。这次依旧从使用层面来聊这个数据库。
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:33:25
数据库、存储、架构、数据、搜索
读《Docker实战》
《Docker实战》是咱们生信书房推荐的第69本书。在做了一段时间生物信息分析工作之后，大约是2018年左右，开始看到一些项目开始用Docker部署分析流程的环...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:32:05
软件、数据分析、部署、服务器、配置
SATURN：跨物种的单细胞数据集整合
跨物种整合的主要挑战在于不同数据集包含不同的基因，而这些基因之间可能不存在一一对应的同源关系。如果仅将每个物种的基因集合限制为共有的“一对一”同源基因，将导致大...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:30:04
processing、编码、模型、数据、神经网络
空间聚类分析之cellcharter
上期推文介绍了IRIS空转邻域算法【空转邻域分析之R包IRIS】。本期将继续带大家了解另一款发表在 Nature Genetics 上的高分空间聚类算法Cell...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:29:29
教程、连接、模型、数据、函数
单细胞测序解锁牙周炎中性粒细胞调控网络
牙周炎作为全球高发的口腔慢性炎症，不仅导致牙龈退缩、牙槽骨吸收，还与心血管疾病、糖尿病等全身疾病密切相关。长期以来，中性粒细胞过度激活被认为是牙周病变的核心，但...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:26:48
数据库、基础、模型、数据、网络
BioCode - 代码数据库【国家生物信息中心】
BioCode（https://ngdc.cncb.ac.cn/biocode）是一个专注于归档生物信息学工具代码的开放式集中仓库，收录了多种用于数据分析的生物...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:24:38
软件、数据库、编码、工具、开发者
两次对话就让人工智能大模型教你搞清楚DNA测序样品是panel还是wes还是wgs
拿到一份DNA 测序原始数据（FASTQ/BAM/VCF 都行），用下面 4 步就能在 10 分钟内把“panel / WES / WGS”猜得八九不离十——不...
生信菜鸟团 5天前2025-11-19 19:24:09
模型、数据、人工智能、panel、编码
做科研能力还比不上人工智能大模型？
看到了2025四月在美国芝加哥的AACR会议的其中一个科研速递：《Abstract 5287: Decoding tumor-immune interactio...
生信菜鸟团 2025-08-122025-08-12 09:13:54
程序、队列、模型、人工智能、数据分析
读《Single-cell best practices》2025实践版
《Single-cell best practices》是咱们生信书房推荐的第66本书。最近在生信技能树上，看再次到这本书(https://www.sc-bes...
生信菜鸟团 2025-08-112025-08-11 10:29:44
工具、实践、数据、数据分析、cell
10X HD Visium上游流程更新：Space Ranger V4及图像校准
上期教程介绍了10X HD Visium数据的上游分析流程【一文打通10X HD Visium上游：从软件部署到上游分析】，主要是基于spaceranger-3...
生信菜鸟团 2025-08-112025-08-11 10:29:25
数据、优化、space、工具、教程
《python单细胞最佳实践》——归一化部分详细解读
书接上回，我们分享了：《单细胞最佳实践》—重新回顾质控部分的新理解，并对其中提到的资源进行了大力分享：python单细胞学习：超详细的单细胞最佳实践，初学或者升...
生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:12:08
最佳实践、python、测试、模型、数据
如何合并多个体细胞突变检测工具的输出结果
在肿瘤基因组数据分析方法中，很多文章会使用多个软件 call 突变，然后进行合并，常用见的方法就是多个软件得到的结果中，一个突变在两个或两个以上的软件检测到即保...
生信菜鸟团 2025-08-092025-08-09 16:04:57
软件、数据、检测工具、数据分析、工具

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