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空间转录组学习笔记-第7周(最新空转细胞通讯算法CellNEST：IF32.1/Q1)
现有方法将细胞间通讯（Cell-Cell Communication，CCC）定义为单个的配体-受体对，但实际通讯可能通过多对细胞形成接力网络（relay ne...
生信菜鸟团 1天前2025-07-02 09:15:35
学习笔记、数据库、数据、算法、网络
UCSC 基因组浏览器
UCSC Genome Browser（https://genome.ucsc.edu/）
生信菜鸟团 1天前2025-07-02 09:13:53
配置、数据、搜索、表格、浏览器
多通道与多尺度融合：两种深度学习架构解析 RNA 甲基化位点预测新进展
因为最近在做利用卷积神经网络CNN和其他深度学习模型来预测m6A-SNP影响的项目，想分享一下目前不同m6A-SNP预测模型的研究进展。RNA N6-甲基腺苷（...
生信菜鸟团 3天前2025-06-30 08:27:57
编码、架构、模型、数据、深度学习
三大单细胞技术【流式、CyTOF、scRNA-seq 】实战对比：如何理解你看到的细胞比例不一样？
在生命科学研究中，流式细胞术（Flow Cytometry, 通常指FACS）、质谱流式细胞术（Mass Cytometry, 商品名CyTOF）以及单细胞转录...
生信菜鸟团 4天前2025-06-29 08:49:05
模型、数据、统计、系统、异常
Linux vs Windows安装R包到底差在哪？
在Windows或Mac上，CRAN为Windows或Mac提供了大量的二进制包，所以安装时默认会下载二进制包（无需编译），因此安装速度通常较快。只有在二进制包...
生信菜鸟团 4天前2025-06-28 11:11:04
编译、二进制、服务器、linux、windows
基因组 | Nat.Commun | 全基因组筛选确定红系分化所需的基因
◉ HUDEP-2细胞在分化第0、4、8和12天的Cytospin图像。这些图像是10个独立实验的代表性样本。◉ 通过流式细胞术检测HUDEP-2细胞在分化前以...
生信菜鸟团 4天前2025-06-28 11:10:21
编码、数据、统计、效率、nat
机器学习 | 一种用于乳腺癌风险分层的多模态机器学习模型
◉ 顶部：统一的BMU-Net模型使用混合深度学习架构（结合卷积神经网络和变压器框架，补充图1）在乳腺X线摄影（CC和MLO视图）、三模式超声图像（B模式、彩色...
生信菜鸟团 4天前2025-06-28 11:09:27
数据、机器学习、测试、队列、模型
（人）成熟PMN-MDSCs的标记物：CD52, CD84, 和PTGER2
一直以来，PMN-MDSC（多形核髓系抑制性细胞）与普通中性粒细胞总是难以区分。它们在形态和密度上几乎没有明显差异，真正的区别更多体现在对T细胞免疫的抑制能力上...
生信菜鸟团 7天前2025-06-26 08:49:36
数据、系统
空间转录组学习笔记-第6周（病理+空转强强联合）
图1a表示通过对比学习，使用从113个研究中收集的图像-转录组学数据集对OmiCLIP模型进行预训练的工作流程。
生信菜鸟团 8天前2025-06-25 08:57:49
性能、学习笔记、基础、模型、数据
KEGG 数据库｜是，但绝不只是 pathway
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
生信菜鸟团 9天前2025-06-24 08:55:24
数据库、集合、数据、网络、系统
不同的细胞机制是三阴性乳腺癌化疗和 PD-L1 阻断联合治疗的基础
背景：三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌中最难治的亚型。紫杉醇（PTX）和白蛋白结合型紫杉醇（Nab-PTX）是关键的化疗药物，Nab-PTX是PTX与白蛋白结合...
生信菜鸟团 9天前2025-06-23 11:21:27
数据、基础、开发、连接、模型
ImmGen：小鼠免疫细胞的“百科全书”
ImmGen 是「全球最全面的小鼠免疫细胞组学资源库」，由多个阶段（Phase I、II）、多种技术（芯片、RNA-seq、ATAC-seq、单细胞）和相关网络...
生信菜鸟团 9天前2025-06-23 11:17:46
系统、芯片、基础、数据、网络
有一些代码确实是没必要自己写了
OptiType is an HLA genotyping algorithm based on linear integer programming. It ...
生信菜鸟团 11天前2025-06-21 10:29:18
人工智能、编程语言、技巧、模型、软件
药物发现 | 基于人工智能的胰腺癌协同药物组合发现
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 09:01:28
测试、模型、数据、机器学习、人工智能
数据资源 | HCDT 2.0：一个高度可信的药物-靶标数据库，包含实验验证的基因、RNA 和通路
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:59:42
编码、开发、数据、网络、数据库
基因组 | NC | KLHL17表达的等位基因效应揭示了胰腺癌全基因组关联信号在chr1p36.33处的遗传基础
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:57:31
系统、数据库、基础、计算机、数据
综述 | 焦亡：分子机制及其在疾病中的作用
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:56:09
连接、模型、系统、翻译、开发
细胞图谱 | Nat.Methods | 全小鼠大脑在整个生命周期中三维表观基因组和转录组的三组学单细胞图谱
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:54:50
数据、nat、methods、排序、生命周期
连接组学 | 人脑胶质母细胞瘤的全脑神经元回路连接组
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:53:38
量化、设计、数据、迁移、连接
Cell Research | 培养 AI 虚拟细胞：三大数据支柱和闭环学习
【优质期刊】文献【泛读，精读】笔记。关注癌症，生信，多组学，数据库，科研工具，精准医学，临床研究，生物技术，计算机技能，大语言模型的应用。
生信菜鸟团 13天前2025-06-20 08:49:15
数据、系统、大数据、cell、模型

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