生信菜鸟团

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  • 一文教你如何进行SCI写作

    在学习了一系列的生信分析系列后,最近慢慢有个感悟。生信分析固然重要,但是或多或少生信分析更多是一个工具一个媒介去探索生物学中的问题。往往很多时候,虽然你把大部分...

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  • 【生信文献200篇】71 基于两大数据库进行TNBC再分析

    英文标题:Unravelling triple-negative breast cancer molecular heterogeneity using an ...

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  • 【生信文献200篇】72 scRNAseq-TNBC-6-patients

    英文标题:Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC t...

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  • 用 cookiecutter 创建新项目

    谈及数据分析,我们一般会联想到数据的分析结果和可视化,光鲜亮丽的结果固然重要,但要知道这些结果归根到底都是由代码产生的,而代码质量的评判标准即是数据代码的正确性...

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  • 读《R语言编程艺术》

    如果说R语言学习者会有的书,大概率会有这一本。本书可以说是R语言学习者和使用者的一个分水岭,在此之前是各种copy调试,在此之后开始用R做一些自己的事情。其实这...

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  • PCR

    聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复...

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  • 震惊!单细胞表达量矩阵全部更改为0-1矩阵居然并不影响降维聚类分群

    也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要,表达量高低也不是很重要,我们只需要知道它是否表达即可!

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  • 肿瘤基因组测序数据高级分析--肿瘤基因组测序数据分析专栏

    大多数肿瘤基因组综述类文章,对于数据分析部分只是介绍了基础分析部分,也就是从原始的 fastq 文件通过质控、比对、GATK流程、Call 变异最后得到 vcf...

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  • 【生信文献200篇】70 日本人的乳腺癌易感基因队列研究

    英文标题:Germline pathogenic variants of 11 breast cancer genes in 7,051 Japanese pa...

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  • 【生信文献200篇】69 简单的GSVA网页工具

    英文标题: toxFlow: A Web-Based Application for Read-Across Toxicity Prediction Using...

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  • 读《Single Cell Biomedicine》

    闲暇时,在书库里面搜索的时候看到了这本书:Single Cell Biomedicine,也是Xiangdong Wang 老师参编的。这几年,王老师在单细胞...

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  • 群体遗传系列之:一文了解和使用Treemix来研究群体之间的基因流

    中秋假期过去了,学习不能停下来。这一期推文继续和大家分享与群体遗传进化相关的知识。这一期主要讲解基因流和Treemix的使用,读完后希望对大家有帮助且有所收获。...

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  • R tips: rlang中的expression操作符

    在R中,library函数的表现有点特殊,传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行,而是像是被‘冻结’了一样。

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  • 【生信文献200篇】67 CHIP-Atlas数据库

    英文标题: ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP...

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  • 【生信文献200篇】68 使用深度学习对多组学数据找预后标记物

    英文标题:Deep Learning-Based Multi-Omics Integration Robustly Predicts Survival in L...

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  • 文献阅读 · 变异分析流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

    call 突变的工具推荐使用GATK HaplotypeCaller 和 Platypus。也有基于贝叶斯统计方法的 Samtools/BCFtools 和 ...

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  • 【生信文献200篇】65 狼疮性肾炎患者肾脏免疫细胞图谱

    英文标题 The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis

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  • 【生信文献200篇】66 小鼠模型跟人类癌症差太大了

    英文标题:Genomic variants in mouse model induced by azoxymethane and dextran sodium ...

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  • 读《R语言面向对象编程》

    R主要面向统计计算,为数据科学家青睐,代码量一般不会很大,使用面向过程的编程方式就可以很好的完成编程任务。而且还是有RStudio这样的交互操作集成开发环境,所...

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  • 生信小白系列:在线运行Github上的jupyter notebook的代码

    你有没有试过在Github上看到一些不错的Python教程,然后是存储于Jupter notebook(.ipynb)中,然后你点开他们的Github后会有想直...

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